前言

这年头，谁还TM的做GWAS～

今天导师不是想和你看流星雨，

是想和你看看他感兴趣SNPs在某个亚组数据中的基因型.......

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怎么办？

I have 一堆SNPs， I have 原始数据～

嗯～

怎样得出SNPs在原始数据的基因型？

发动Plink！

首先，你要准备一个“感兴趣亚组”的txt文件（包括两列Family ID和Individual ID），参考前面关于keep操作的说人话～

长这样子的～

然后，给自己感兴趣的SNPs做一个txt文件（Excel也好，Terminal Vim操作也罢），样子如下：

没错，就是这样一列

发动！Plink Combo！

/Users/seedson/Biosoft/plink_mac_20190617/plink --noweb --file /Volumes/xxx/70389_LungSomke/cxxx/chr23 --keep /Users/xxx/20200218/all_control_and_cancer_chr25.txt --allow-no-sex --extract /Users/xxx/20200214/significant_X_SNPs.txt --recode --tab --out all_significant_snps

解释如下：

/Users/seedson/Biosoft/plink_mac_20190617/plink （告诉电脑Plink的软件的位置）

--noweb （不需网络）

--file /Volumes/xxx/70389_LungSomke/cxxx/chr23  （告诉Plink要采取操作的数据在哪里）

--keep /Users/xxx/20200218/all_control_and_cancer_chr25.txt （告诉Plink要keep操作提取的亚组是什么，在哪里）

--allow-no-sex （容许不区分性别，原始文件中没有性别的label，其他分析不一定要用）

--extract /Users/xxx/20200214/significant_X_SNPs.txt （告诉Plink要提起的SNPs是什么，在哪里）

--recode --tab （输出的格式）

--out all_significant_snps （告诉Plink分析完后，写出结果的文件名字- 自己给分析一个名份～）

输出结果如下：

截图如上，就长这样～

后记：

何时，才能够结束这个破课题......

一个穷学生，看完不点赞，不打赏，

你们心不痛吗？