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GATK HaplotypeCaller index 踩坑

GATK HaplotypeCaller index 踩坑

作者: 杨康chin | 来源:发表于2021-01-08 10:46 被阅读0次
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A USER ERROR has occurred: Fasta dict file does not exist.

踩坑,跑HaplotypeCaller的时候报错不存在dict文件,我看我也index了也dict了,文件也有了怎么说我没有呢。

原来这个dict 文件要命名为 reference.dict,而不是reference.fasta.dict。和之前samtools的那一步不一样。

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