何塞·阿尔卡蒂奥·布恩迪亚是马孔多的创始人。因为一场决斗杀死了耻笑自己的朋友普鲁邓希奥·阿基拉尔，为了逃避亡灵的纠缠，也为了逃避近亲结婚的魔咒（相传布恩迪亚家族近亲结婚会生出一个长着猪尾巴的孩子），他带领妻子和二十多户人家离开故土，经过两年半的艰难跋涉来到一片荒芜之地，“那天晚上，何塞·阿尔卡蒂奥·布恩迪亚梦见那个地方耸立起一座喧嚣的城市，家家户户以镜子为墙。他询问这是什么城市，得到的回答是一个他从未听说、也没有任何含义的名字，但那名字却在梦中神秘地回响：马孔多。”于是马孔多就这样开始建立起来。
由于此地与世隔绝，封闭而落后，直到吉普赛人梅尔基亚德斯的到来打破了马孔多的平静。何塞·阿尔卡蒂奥·布恩迪亚是一个兼具强悍精神、孤僻性格和聪明才智的人，对未知的新奇事物充满好奇和热情，颇具研究精神。他从梅尔基亚德斯那里买过吸铁石、望远镜、放大镜等各种新奇事物，并想用他们去实现自己天马行空的想法，更加神奇的是他在无师自通的条件下计算出地球是圆的，得到梅尔基亚德斯的赞许和敬佩，并收到其馈赠的礼物：一间炼金实验室。
他是一个不断进取的人，希望马孔多能摆脱封闭和落后，与外面的先进文明联系起来，但屡屡尝试却都以失败告终，修路失败，搬家受阻，妻子乌尔苏拉的实干精神逐渐磨灭了他的好奇心，昔日开拓进取的壮志雄心被困锁在马孔多。比如他曾经带队远征去寻找而未果的伟大发明之路被乌尔苏拉不经意间找到了，比如他认为“死而复活”的梅尔基亚德斯带来的照相机会摄取人的生命，比如是乌尔苏拉发现孩子们都长大了而决定建立新家还购买了大量的新式家具……
时间在慢慢推进，梅尔基亚德斯的死给何塞·阿尔卡蒂奥·布恩迪亚带来沉重的打击最终变得郁郁寡欢，直到皮埃特罗带来的钟表玩具又燃起了他的好奇心和钻研精神，“他把钟表的机件安在上弦的跳舞女郎身上，于是那个玩具在自己的音乐伴奏中一刻不歇地跳了三天。这一发明带给他的兴奋超过了以前所有的疯狂举动……任凭想象将自己带到一种永恒的谵妄状态，从此再也没有恢复过。”他已经失去了对时间流逝的感觉，“‘你看那天，看那墙，看那秋海棠。今天还是星期一’……‘你看那风，听那太阳嗡嗡响，跟昨天前天都一样。今天还是星期一’……”
他彻底疯了，在他的幻想中看到了早已死去的朋友普鲁邓希奥·阿基拉尔变成了老头，他多么希望普鲁邓希奥·阿基拉尔当年没有被自己杀死，现在和他一样变成老头啊。他砸碎了实验室，喊叫着，最终被绑在了树上，直到临死前，仍然分不清现实和梦幻，现实中他一个人孤独的死去，在他的梦幻中是和自己的朋友普鲁邓希奥·阿基拉尔在一起……
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