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3#genome# 利用相似网络对生物合成基因簇进行分析可区分和

3#genome# 利用相似网络对生物合成基因簇进行分析可区分和

作者: 董八七 | 来源:发表于2022-01-25 16:52 被阅读0次

Männle D, McKinnie SMK, Mantri SS, et al (2020) Comparative Genomics and Metabolomics in the Genus Nocardia. mSystems 5:1–19. https://doi.org/10.1128/mSystems.00125-20

使用自动基因组分析工具,通常不清楚同源生物合成途径中的遗传变异与结构变异的关系程度。这阻碍了菌株优先度和化合物识别,并可能导致对化学多样性的过度解读。评估了诺卡氏菌(Nocardia)的代谢潜力。诺卡氏菌是一种未被充分研究的放线菌属,已知包含机会性人类病原体。揭示了大量不同类别的假定生物合成基因簇。使用nocobactin-like类铁载体的高度保守生物合成途径来研究基因簇差异如何与所产生化合物的结构差异相关。BiG-SCAPE(生物合成基因相似性聚类和勘探引擎)生成的序列相似性网络显示了几个不同的基因簇家族的存在。利用高度严格的相似网络对生物合成基因簇进行大规模分析,可以区分和预测天然产物的结构变化。


to what degree 程度
homologous 同源
prioritization 优先次序
underinvestigated 缺乏研究
a plethora of 大量

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