质谱有多种扫描模式，包括正负离子模式、全扫描、子离子扫描、母离子扫描、中性丢失扫描、选择离子监测和多反应监测。然而，每种扫描模式是什么意思，在具体应用时又该如何选择呢？请接着往下读，希望本文能为您解惑。
通常，电喷雾电离(ESI)和大气压化学电离(APCI)接口都有正负离子模式可供选择。
注意：一般不要同时选择正负两种离子模式。
正离子模式：适用于分析碱性样品，以及含有仲氨和叔氨的样品
负离子模式：适用于分析酸性样品，以及含有强伏电性基团的样品
全扫描（Full Scan）：对指定质量范围内的离子进行扫描并记录其质谱图，从而获得待测化合物的分子量和结构信息，并通过库检索进行定性鉴别的方法。
对于未知物，全扫描可获得化合物的准分子离子，从而获得化合物的分子量。对于二级质谱或多级质谱，全扫描可获得化合物的所有碎片离子。
子离子扫描（Product Scan）:Q1锁定某一质量的母离子，输送到q2进行碰撞解离，产生的碎片用Q3进行全扫描，得到的是母离子产生的子离子的质谱图。
主要用于化合物的结构分析。
母离子扫描（Precursor Scan）：扫描所有的母离子，进入碰撞室，发生碰撞解离，Q3锁定某一特征子离子，得到母离子质谱图。
主要用于筛选结构相似的化合物，常用于药物代谢研究。
中性丢失扫描（Neutral Loss）：Q1扫描一定质量范围内的所有的母离子，并输送到q2进行诱导解离，Q3对与Q1保持中性丢失碎片的恒定质量差子离子联动扫描，得到中性丢失所形成的子离子的质谱图。
主要用于鉴定和确认类型已知的化合物，也可帮助进行未知物架构的判定。
选择离子监测（Selective Ion Monitoring, SIM）：只针对选定的单个离子或一系列单个离子进行监测。
因其只能对特定的离子进行检测，不能得到化合物全谱，因此不能用于未知物的定性分析，主要用于目标化合物和复杂混合物中杂质的定量分析。
多反应监测（multiple reaction monitoring, MRM）：由Q1全扫描确定质量为m1的母离子，经碰撞室发生诱导解离，在Q3做子离子扫描，从子离子谱中选择特征子离子m2，组成离子对实施MRM监测，只有同时满足m1和m2特征质量的离子才能被检测到。
主要用于目标化合物的定量分析，是灵敏度最高的质谱检测模式。
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