美文网首页
菜鸟自学03:安装Miniconda

菜鸟自学03:安装Miniconda

作者: guguaihezi | 来源:发表于2019-03-08 10:06 被阅读0次

    把之前写在CSDN的博文搬运了过来,集中记录自己的学习过程。


    首先了解 conda、Anaconda、Miniconda的关系
    昨晚在修改bashrc文件时服务器突然掉线了,导致bashrc文件不正常关闭,结果临时生成了.bashrc.swp文件,再次编辑bashrc文件会提示该文件已存在。

    原因:在用vim打开一个文件时,其会产生一个cmd.swap文件,用于保存数据,当文件非正常关闭时,可用此文件来恢复,当正常关闭时,此文件会被删除,非正常关闭时,不会被删除,所以提示存在.swap文件。

    rm .bashrc.swp    #这样文件就被删除了
    

    1.下载Miniconda
    选择的是清华镜像里的版本:
    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

    bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    source ~/.bashrc #然后别忘了点击Enter!昨晚安装就是死在这一步了
    

    然后等一会就会出现python安装成功的提示。
    然后提示是否将miniconda3安装路径加入到环境变量,输入yes。如果不输入或输入no的话也可以,就是要手动修改环境变量,不过还是能不动就不动吧。。
    亲证重启终端才能使用:
    进入miniconda3目录下,conda list #查看已安装的库文件

    2.配置conda的镜像仓库

    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free  #官方频道
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge  #conda软件管理依赖环境解决频道
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda  #生物信息软件频道
    conda config --set show_channel_urls yes
    

    以上均参考:HiC数据分析实战


    下午我又来了,原因是我发现miniconda3安装在了家目录下,于是我自作聪明得把整个miniconda3文件夹移到app下面后,还修改了原有的环境变量路径,,结果就是发现miniconda没法用了。于是乎:

    rm -rf miniconda3  #所有的文件都在这一个文件夹里,所以删除这个文件夹就行
    #然后注释掉或者删除之前添加的路径
    #重启终端,不然可能还是绑定有anaconda
    

    重新安装吧,别忘了进入app目录下再下载安装。
    我又又来了,还是没用,还是会自动安装到家目录下,即使安装包还是躺在app目录下。。未解之谜


    8.7补充:
    听课的时候看到这篇文章:conda is a snake

    conda请最好是通过source启动,一定要用conda安装不同功能的软件各个env,免得它污染环境变量,使用某些软件,就激活某些env。

    吓得我赶紧去修改了.bashrc文件。怎么手动启动conda呢?

    source ~/miniconda3/bin/activate
    #然后用户名前面会出现(base),表示我们处在conda的环境下
    

    修改bashrc文件后我测试了一下,发现仍然可以直接调用conda,这可能是因为系统里已经有conda存在了,所以可以直接调用。
    另外,创建虚拟环境真的是个良好的习惯。

    相关文章

      网友评论

          本文标题:菜鸟自学03:安装Miniconda

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/rfvlpqtx.html