首先下载安装table2itol，可以在itol官网help的页面中搜索table2itol跳转至github下载。
github上有详细的下载安装教程，推荐在linux中使用。如果不会用linux的R，可以先激活qiime2的环境，命令行敲R进入交互界面，安装缺少的R包。
下面以table2itol tests目录下的例子解读一下。
1 table2itol.R -a -c double -D G001 -i TID -lfinal\ label -t %s -w 0.5 INPUT/example_001.ods
-c Convertinteger columns to factors ('factor') or numbers with decimal points ('double')or just not 0/1 to logical vectors ('keep')
-c参数默认为none，即整数列依然是整数列，小数列为小数列，有字符串的列依然是字符串的列，这种情况下，整数列会生成柱状图bar，而小数列会生成gradient。指定-c参数为double，即将带有数字的整数列转变为小数点的列，则会将所有数字的列都生成gradient，也就是有颜色梯度的色带。此时带有TURE或者FALSE的列将视为binary-type，而有重复字符串的列将视为color strip即色带，而未出现重复字符串的列视为蛋白结构域。
-l参数为修改label名字 -D输出目录 -w指定颜色带或区域宽度
#生成的文件如下，光看名字也能知道每个文件的用途。
2 table2itol.R -a -d -c none -D G002 -b continent\ of\ isolation\ -i TID -lfinal\ label -t %s -w 0.5 INPUT/example_001.ods
出现了-d参数，先看说明书
-d Create bar charts, not gradients, from numberswith decimal points ('double')
也就是说-d意味着是把带有小数点的列转变为柱状图，而不是gradient梯度颜色带。这种情况会把小数点的列也转变为柱状图。但注意不要-c double 和–d 混合使用，逻辑上-c double把整数列转换为小数点的列，-d再把小数点的列转换为柱状图，但是实际运行依然只有末尾的小数点的列转化为了柱状图。
-b 设置label背景颜色。
3 table2itol.R -a -c factor -D G003 -i TID -lfinal\ label -t %s -w 0 INPUT/example_001.ods
将-c参数设为factor，此时原来逻辑值的列TURE 或者 FALSE也变为factor，则会生成colorstrip。字符串列若有重复同样生成colorstrip，若无重复则生成domain。整数列变为factor，若有重复生成colorstrip，若无重复生成domian。小数点的列会生成gradient。
4 table2itol.R -c keep -D G010-i ID -t %s INPUT/example_002.tsv
-c keep生成热图
另外需要注意的：
-o指定不透明度
树枝clade的颜色在itol网站上选中更改比较方便
如果需要生成堆叠柱状图，用itol官网提供的模板。
table2itol只是简化了一些步骤，如果觉得颜色不好看或者别的，可以在生成的datasets文件中直接修改。
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