进化树美化利器iTOL

    科研狗对美的追求是永无止境的。为了一张好看的实验结果图，那是赴汤蹈火，在所不惜。下面就跟大家介绍一个美化进化树的利器——iTOl。本文主要向大家展示一下iTOL数据集注释模板（类似配备文件，脚本，导入即出图）的强大功能。

     如何使用iTOL可以百度搜索，可以找到许多相关文章。在下直接上iTOL强大的数据集注释模板功能。

     在iTOL的help-Annotating trees可以下载相关的数据集模板（如下图，下载模板中也有相应的树文件，可以一一使用，来了解其功能）。

ITOL注释文件（建议用Notepad++对模板进行修改） 主要由三部分组成，一是每个注释文件开头的关键词；二是列之间的分隔符类型（COMMA为逗号分隔，TAB为TAB键分隔，SPACE为空格分隔）；三为以DATA开头的数据。 注释文件开头的关键词主要有以下：

 a. TREE_COLORS：对树枝上色，分

clade，

branch，

label，

range，

 b. LABELS 可以对标签重命名，也可以对branch进行命名（branch用ID的表示方法为ID1|ID2）。

 c. POPUP_INFO 为鼠标移动到相应位置会弹出指定信息，对文章作图较不重要。

d. DATA_ALIGNMENT 序列比对结果附在树旁（详细参数见模板）

e. DATASET_BINARY 具体作用不明，结果如下：

 f. DATA_BOXPOLT 为进化树与箱线图。该图需要的数据为（five number summary: minimum, first quartile, median, third quartile, and maximum和所有极值）。

 g. DATASET_COLORSTRIP 可以对分支颜色（加COLOR_BRANCHES 1参数）和label外围上色条。效果如下：

 h. DATASET_CONNECTION 数据格式：#NODE1,NODE2,WIDTH,COLOR,LABEL，效果如下：

                                                                 （CURVE_ANGLE 45参数）

                                                                   （参数：CENTER_CURVES 1）

i. DATASET_DOMAINS 效果如图：

 j. DATASET_EXTERNALSHAPE （作用不明）

k. DATASET_GRADIENT

l. DATASET_HEATMAP

m. DATASET_IMAGE 附任何你想附的照片。

n. DATASET_LINECHART 附线图

o. DATASET_MULTIBAR 条形图

p. DATASET_PIECHART 派图

小贴士：在画一个大的进化树时，尽量将字体等各项参数调小，最后出图会更清晰。

有时，存pdf时，会与存svg的图像效果不一致，目前没有很好的解决办法（不是办法的办法，不同电脑出图效果不同，找到你想要的图来保存），路过大侠，敢情路见不平，一声吼，不胜感激。