显性水溶液中蛋白质的分子动力学模拟

显性水溶液：用分子力场显式地表达水分子环境。tip3p;spce;spc等模型

隐性水溶液：用方程描述水分子的作用；例如GB模型，PB模型。（逐渐被抛弃，准确度不高）

pdb数据库下载对应文件；pymol去除溶剂；查看分子结构有无损坏；可用modeller；ds；rosetta；chimera；loop修复

gmx mdrun

参考教程

http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/index.html

1.pdb2gmx

2.定义盒子

3.加水

4.加拮抗离子，分两步

5.能量最小化（gmx editconf -f em.gro -o em.pdb ,最小化后的文件，可以转换为pdb格式，并保存）

6.NVT平衡（参数文件通过 wget 下载）

7.NPT平衡

8.production run

9.分析 RMSD，回旋半径等