1. hg19、GRCh37、GRCh38、B37这4种参考基因组的区别？

（1）来源： hg19来自UCSC，GRCh37、GRCh38来自NCBI，b37来自千人基因组第一期。

（2）b37和GRCh37的区别： 可以将b37理解为GRCh37的升级版。b37在GRCh37的基础上进行命名和坐标系统规范，包括线粒体和GL开头的一些没有定位到基因组的序列。

（3）GRCh38和GRCh37的区别：与GRCh37相比，GRCh38替换了8000个等位基因位点，校正了数个组装错误的基因组区域，补全了gap，添加了着丝粒序列，在178个区域组装了261条alternate loci，丰富了基因组的多样性。具体见文献：Guo Y, Dai Y, Yu H, et al. Improvements and impacts of GRCh38 human reference on high throughput sequencing data analysis[J]. Genomics, 2017, 109(2): 83-90。

（4）hg 19与b37的区别： hg19与b37的坐标系统一样，1-X,Y染色体碱基信息一模一样。区别是（不考虑scaffold的区别）：

a.线粒体有差别（版本不一样，b37用的是修正版的NC_012920，而hg19是老版的NC_001807）。b.UCSC参考基因组中有大小写碱基，小写表示在repeat区（Repeats from RepeatMasker and Tandem Repeats Finder）。c.染色体编号表示不同，hg19带有chr，b37直接是染色体编号。

2. 平均有效测序深度指的是什么？

平均测序深度，即Average_sequencing_depth_on_target，是目标区域的平均测序深度，是比对到目标区域的总数据量/目标区域的总长度的值。

3. 癌症分析时为什么需要成对样本？

Germline Mutation（胚系突变）和Somatic Mutation（体细胞突变），前者侧重于可遗传的、个体背景中所有细胞携带的突变，主要用于遗传易感性及药物基因组学的相关研究；后者侧重于肿瘤细胞特有、正常细胞没有的一类突变，通过寻找肿瘤与正常细胞间突变信息的差异，进一步研究癌症发生发展的机制。

4. 变异检测结果中如何得出 genotype，判断纯杂合信息？

genotype 与样本 alt 等位基因碱基型和基因型似然值有关，例如：参考基因组的碱基为T，样本A1在此为点的基因型为AA，决定此位点为纯合突变的是基因型似然值。例如 GT:PL 1/1:255,36,0，其中GT 表示基因型，1/1为纯合突变,0/1为杂合突变，0/0为纯合未突变；PL表示基因型似然值，逗号分隔的三个值，依此对应0/0、0/1、1/1三种基因型，值越小，支持的基因型概率就越大，即判定为这个基因型的可能性越大。255、36、0三个值分别对应纯合未突变，杂合突变和纯合突变，根据最小数值判定基因型，在255、36、0三个值中，0最小，所以判定该位点的基因型为1/1纯合突变。

5. 解释NM_006208:exon2:c.313+8->GT的含义。

NM_006208该变异位点所在的转录本ID号，exon2表示变异位点位于转录本的第二个外显子上；c.313+8->GT表示该变异引起cDNA在313位点下游8bp处插入GT 2个碱基。其中，8前面的“＋”表示下游，8后面的“->GT”表示插入了2个碱基。

6. 如何查找突变位点具体位置以及相应的氨基酸突变信息？

文件中CHROM和POS列为突变位点的具体位置，其中CHROM列代表发生突变的染色体号，POS代表突变位点在该染色体上具体的位置，如果突变位于外显子上，则能在AAChange列找到相应的氨基酸突变信息。

7. 在全外显子测序（WES）中，如何判断CNV缺失的可信度？

WES检测的CNV假阳性较高，可信度不如WGS的检测结果。若关注的基因出现了CNV的注释，可以去bam文件中确认该位置的reads覆盖情况，以bam文件中的结果为主，后期可根据结果再进行验证分析；若无显著缺失，不建议关注此CNV。

8. 如何进行基因间互作分析？

建议使用GeneMANIA进行分析。

9. 查找疾病表型与基因的关系的网站？

Phenolyzer分析，依据用户提供的疾病/表型名称，通过精准算法，结合测序结果和多种数据库，对基因进行筛选排序，构建基因-疾病表型之间的关联图。

GeneCards是一个汇总了150个网络数据库的基因功能查询数据库。通过这个数据库我们不仅可以查询到一个基因各个方面的基本功能。而且还可以查询疾病相关的基因列表等等。

OMIM，人类孟德尔遗传病数据库，给出与变异位点所在基因相关的遗传疾病名称。

10. 为什么会出现一代测序和二代测序结果不符的情况？

由于一代测序结果是样本中真实序列的反应，无法体现 SNP、InDel，也无法确认 InDel 的具体位置。因此，客户提供样本区段中若包含 InDel，一代测序结果则会与二代测序结果有出入。若遇到此情况，需要使用 IGV 提取目的区域的序列信息，结合自身的一代测序结果进行查证。