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samtools 序列比对率计算(samtools flagst

samtools 序列比对率计算(samtools flagst

作者: 奔跑的Forrest | 来源:发表于2021-04-29 21:45 被阅读0次

    准备序列比对后生成的 bam 文件或者 .sam 文件

    samtools flagstat .bam文件 >  flagstat.tax
    

    结果解释
    从第一行至第十一行分别表示:

    1. QC pass的reads的数量为2499971,未通过QC的reads数量为0,意味着一共有2499971条reads;

    2. 重复reads的数量,QC pass和failed

    3. 比对到参考基因组上的reads数量;

    4. paired reads数据数量;

    5. read1的数量;

    6. read2 的数量;

    7. 正确地匹配到参考序列的reads数量;

    8. 一对reads都比对到了参考序列上的数量,但是并不一定比对到同一条染色体上;

    9. 一对reads中只有一条与参考序列相匹配的数量;

    10. 一对reads比对到不同染色体的数量;

    11. 一对reads比对到不同染色体的且比对质量值大于5的数量。

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