美文网首页生物信息生信小技巧
bedtools 批量提取snp前后1000bp片段

bedtools 批量提取snp前后1000bp片段

作者: 奔跑的Forrest | 来源:发表于2021-04-29 21:35 被阅读0次

    准备条件
    1 知晓snp位置,位于第 x 条染色体上 12345678 bp
    2 生成 .txt 文件,文件格式如下


    txt 文件格式

    第一列表示 snp 染色体位置
    第二列表示 snp 前 500 bp 位置
    第三列表示 snp 后 500 bp 位置
    要使用 tab 制表符分开
    将文件命名(这里命名为sigpointforsequence.txt)
    执行下面命令

    bedtools getfasta -fi $GENOME(基因组绝对路径) -bed sigpointforsequence.txt -fo sig_sequence
    

    得到 sig_sequence 文件如下


    相关文章

      网友评论

        本文标题:bedtools 批量提取snp前后1000bp片段

        本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/klfgrltx.html