准备条件
1 知晓snp位置,位于第 x 条染色体上 12345678 bp
2 生成 .txt 文件,文件格式如下
txt 文件格式
第一列表示 snp 染色体位置
第二列表示 snp 前 500 bp 位置
第三列表示 snp 后 500 bp 位置
要使用 tab 制表符分开
将文件命名(这里命名为sigpointforsequence.txt)
执行下面命令
bedtools getfasta -fi $GENOME(基因组绝对路径) -bed sigpointforsequence.txt -fo sig_sequence
得到 sig_sequence 文件如下
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