美文网首页
scRNA Editing Project2-RNA editi

scRNA Editing Project2-RNA editi

作者: 江湾青年 | 来源:发表于2021-05-29 21:35 被阅读0次

引言

RNA编辑是在转录后的RNA单个核苷酸发生改变的事件,文中作者使用“epitranscriptome”一词来形容这种RNA水平的修饰。RNA编辑事件主要是通过两种酶的来催化发生的:ADAR(编辑A to I)和APOBEC1(编辑C to U)。RNA编辑与神经细胞和免疫细胞的发育和功能、肿瘤的发生有着很多联系。然而,特定编辑事件的功能相关性,才刚开始被探索(以往都只是看一个大概的编辑率)。

RNA编辑事件通常是根据编辑率来表示的,即某个位点发生编辑的reads数除以map到这个位点的reads数。RNA编辑率的差异很大,目前大多数研究都集中在高编辑的转录本上,对于总体编辑水平的生物学意义,目前有两种假设:

一是Gommans and Maas提出的:bulk RNA-seq中低编辑率的事件是真实发生在每个细胞中的事件,数据中观察到的大量低频 RNA 编辑事件准确地表示了每个细胞中发生的情况。这种低频事件可能是“噪音”,它仍然可以作为基因组水平突变的替代机制来实现生物学功能,以发挥潜在的有利适应性。

Pullirsch 和 Jantsch 提出的第二个替代假设是,RNA 编辑实际上可能在特定细胞亚群中以非常高的频率发生,从而使细胞群多样化。

为了验证这些假设,作者试图比较bulk RNA-seq和scRNA-seq的编辑率。但实际上,scRNA-seq因为测序深度低、捕获的转录本不足(仅占20%)等原因,不能确定未发现的编辑事件是真的未编辑还是未被检测到

相关文章

网友评论

      本文标题:scRNA Editing Project2-RNA editi

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/rngyjltx.html