计算测序深度

作者: 落寞的橙子 | 来源:发表于2023-06-28 02:16 被阅读0次

    参考一
    参考二

    测序reads数两个例子

    #singel end
    folder_path="/path_to/donor2"
    output_file="/path_to/donor2_nanopore_coverage_2.txt"
    
    # 遍历文件夹中的所有fastq文件
    for fastq_file in ${folder_path}/*.fastq; do
        # 使用SAMtools命令计算reads数量
        read_count=$(expr $(cat ${fastq_file} | wc -l) / 4)
        # 打印每个文件的reads数量
        echo "${fastq_file}: ${read_count} reads" >>$output_file
    done
    
    #pair end
    folder_path="/path_to/short_reads/donor1"
    output_file="/path_to/short_reads/donor1_short_reads_coverage.txt"
    
    for i in 1 2 3 4 5 6 7 8
    do
        read_count1=$(zcat "${folder_path}/s${i}_R1_val_1.fq.gz" | grep -c '^+$')
        read_count2=$(zcat "${folder_path}/s${i}_R2_val_2.fq.gz" | grep -c '^+$')
        read_count=$(expr($read_count1+$read_count2))
        echo "s${i}: ${read_count} reads" >>$output_file
    done
    
    
    

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