亲子鉴定

 有关亲子关系建立对于中华鲟研究的实际意义：

 1. 评估人工增殖的生态学效应。

 2. 了解亲缘关系可以尽量减少近亲繁殖，远亲繁殖带来遗传多样性退化的危险。

如何建立亲子关系：

 利用高多态性的标记系统。

 为什么选择微卫星标记： 

微卫星的高效性是基于等位基因共显性表达的高度变异，用来追踪等位基因的亲本来源，而且微卫星引物可以实现相近种间的跨种扩增，因此成为构建亲子关系的首选标记。 

                                                    -------摘自赵娜博士论文

提出问题：

1. 如何识别自然繁殖幼鲟和人工繁殖放流幼鲟？

2. 鉴于中华鲟数量极少，如何正确取样达到 能获取完整信息量的最小值点？

3. 如何对中华鲟的人工繁殖放流提出指导？或者建立一个养殖放流模型？

4. 能否针对类似濒危物种，定性提出保护指导或者量化建立模型？

解决问题：

a. 构建族谱树。（这里还有一个可以研究的点就是师兄们那篇文章体现的）

    我曾经利用R包做出过族谱树。但没有仔细研究R包里面的内容。

距离分析： 

    可能的分析方法列出：

（1） 欧几里得距离

将 两个个体视作 两个多维空间。

基本分析思路：

选取微卫星位点（这里需要讨论选取最高效的微卫星位点和选取的微卫星位点的数量，这里有相关论文，但我没查到）。

确定等位基因型，然后用（0,1,2）或者（-1,0,1）刻画 共显性，显性，隐性。

得到距离值。

（2）曼哈顿距离

同欧几里的距离分析思路一样。但是可以分析出距离后河欧几里的距离对照，分析为什么会有区别。

 （3）Jaccard 相似度

这个是我最初做出族谱图用的参数之一。但是后来仔细研究发现它对冲掉 微卫星标记特别重要的一个优点 —— 体现共显性。

这个系数主要是适用二元数据集：0,1矩阵

但是也可以研究和其它研究结果相比体现 共显性的 优势所在处 

或者我将原公式改进一下。

（4）皮尔森相关系数

这个公式稍微有点不懂。