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sed | 在第一列添加字符

sed | 在第一列添加字符

作者: 尘世中一个迷途小书僮 | 来源:发表于2021-11-06 11:23 被阅读0次

发现自己对sed/awk的熟悉度还是不够,有时候问题都描述的不正确,这就很难搜到想要的代码.

问题描述

当我在处理多个基因组文件时,由于fasta的header中标注染色体的字段都是数字,就会导致无法正确识别特定物种染色体的问题

>chr1 
TGGGCAATG
GGAATCA
TGGACAGT
...
>chr2
TTTAACGG
CGCGATAT
GAGATCAGAC
...

因此,我想要在染色体数字的后面加上标识符,例如_mm

>chr1_mm 
TGGGCAATG
GGAATCA
TGGACAGT
...
>chr2_mm
TTTAACGG
CGCGATAT
GAGATCAGAC
...

解决方案

通过sed一句话就可以搞定

$ sed '/^>/s/ /_mm /' example.fa

其中:

/^>/表示需要匹配的部分,也就是行首的>

s表示执行替换操作

/ /表示用空格作为字段分隔符

_mm则是添加的字符

整体意思是匹配到行首为>的行,在第一个字段末尾添加_mm

Ref:

replace specific column on matching line, then print other lines: https://stackoverflow.com/questions/40470194/awk-replace-specific-column-on-matching-line-then-print-other-lines

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