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ADMIXTURE和STRUCTURE可视化:pong

ADMIXTURE和STRUCTURE可视化:pong

作者: bioshimmer | 来源:发表于2023-07-02 11:37 被阅读0次

pong可以对ADMIXTURE和STRUCTURE等群体结构结果,生成一个网页进行交互可视化。

一、安装

该软件是一个python命令行工具,在windows下使用安装,打开cmd命令行,用以下命令即可安装。

pip install pong

然后打开cmd命令行,输入pong,有提示信息即安装成功。


image.png
二、可视化

pong只需一个filemap文件即可运行,file_map文件为三列,第一列为运行名字,自己取一个即可;第二列为k值,第三列为对应的Q文件路径,每列以Tab键分隔。


image.png

写完file_map文件即可运行。

pong -m file_map
image.png
然后打开浏览器,输入http://localhost:4000,结果还是非常不错的,第一次使用会有一个交互教程。
pong
三、排序分组

这里需要配置另外两个文件,indiv.txt,pop_order.txt。
indiv.txt为每个个体所属分组


indiv.txt

pop_order.txt为分组所要展示的顺序。


pop_order.txt
完成以上两个文件后,运行以下即可。
pong -m file_map -i indiv.txt -n pop_order.txt
pong

NOTE
Q文件和配置文件有多余的空行可能会报错

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