在蛋白质质谱中，串联质谱（也称为MS/MS或MS2）一般用于蛋白质/肽的鉴定。肽鉴定算法分为两大类：数据库搜索和从头搜索。前者针对包含假定存在于样品中的所有氨基酸序列的数据库进行搜索，而后者则是在不了解基因组数据的情况下推断出肽序列。
接着前两期给大家介绍的数据库搜索软件、头测序软件和同源性搜索软件、MS/MS肽定量分析软件，这期我们来说说其他不常见的分析软件，快来看看你用过哪些吧。
NameTypeDescription
TopFD：开放软件TopFD（自上而下质谱特征检测）是自上而下光谱去卷积的软件工具，是MS-Deconv的后续产品。它将自上而下的光谱峰分组为同位素包层，并将同位素包层转换为单同位素中性质量。此外，它还可以从LC-MS或CE-MS数据中提取蛋白质组特征。
ArtIST by Clover Biosoft：自营（人工智能应变类型）基于人工智能和机器学习算法的MALDI-TOF MS数据分析和生物标记物发现工具。 ArtIST是一种在线服务工具。
Advanced Chemistry Development：自营利用光谱/结构匹配解释质谱和xC/MS数据、识别已知和未知代谢物以及通过光谱比较识别化合物的商业解决方案。
Analyst：自营由Danaher公司的分部AB Sciex开发。.
AnalyzerPro：自营SpectralWorks公司的一个独立于供应商的软件应用程序，可用于处理质谱数据。它能同时处理GC-MS和LC-MS的定性和定量数据处理，并可用于代谢组学中使用矩阵分析仪对多个数据集进行比较。AnalyzerPro XD是64位版本，包括对二维数据处理（如GCxGC-MS）的支持。
Chromeleon：自营Thermo Fisher Scientific公司开发的软件，需与质谱仪以及色谱仪结合使用。
Crosslinx：开放软件用于Linux和Windows的Python脚本或独立可执行文件。对于更大的数据库，可采用两步法处理。
DeNovoGUI：开放软件具有图形用户界面的软件，用于运行免费的从头测序软件工具Novor和PepNovo+的并行版本。
Easotope：开放软件质谱数据存档、组织和分析软件。目前主要用于集群分布的二氧化碳分析，并可扩展到其他同位素系统。
[El-MAVEN]：开放资源Elucidata的桌面软件，用于处理以开放格式（mzXML、mzML、CDF）标记的LC-MS、GC-MS和LC-MS/MS数据。该软件有一个图形和命令行界面，与云平台集成，用于存储和进一步分析，如相对流量和量化。
ESIprot ：为蛋白质的低分辨率电喷雾电离（ESI）质谱（MS）数据启用电荷状态测定和分子量计算。
KnowItAll Spectroscopy Software & Mass Spectral Library：自营Bio Rad Laboratories公司开发的软件，提供质谱分析解决方案，包括光谱分析、数据库搜索（光谱、结构、峰、性质等）、处理、数据库构建（MS或多种技术，包括红外、拉曼、核磁共振、紫外、色谱）、光谱减法，也是用于报告和ChemWindow结构图的工具。
Mass++：开放软件质谱分析软件，可以导入和导出开放格式的文件（mzXML，mzML），并加载一些仪器供应商的格式；用户可以开发和添加原始功能作为mass++插件。
MassBank.jp：网站网站由日本山形县津冈市庆应大学高等生物科学研究所主办，提供有机化合物的质谱数据。
Mass Frontier：自营由HighChem开发，用于解析和管理小分子质谱的软件。
MassMap：自营MassMap GmbH&Co.KG的MS数据自动评估通用软件套件，适用于各种分子的LC/MS和GC/MS数据、蛋白质完整质谱分析、一般HDX实验分析和肽的HDX片段分析，可用特殊的方法识别非常复杂的混合物中的未知成分。
Mass-Up：开放资源蛋白质组学实用程序，用于支持预处理和分析从mzML、mzXML和CSV文件加载数据的MALDI-TOF质谱数据，并允许用户应用基线校正、标准化、峰值检测和峰值匹配。此外，它还可以将不同的机器学习和统计方法应用到生物标记发现、无监督聚类和监督样本分类的预处理数据中。
massXpert：开放软件 GPL基于图形用户界面（GUI）的软件，用于模拟和分析已知生物聚合物序列上获得的质谱数据。polyxmass的后续产品。msxpertsuite.org软件套件的其中一个程序。
METLIN Database and Technology Platform：自营METLIN公司创建于2003年，目前拥有100多万种分子，包括脂质、类固醇、植物和细菌代谢物、小肽、碳水化合物、外源药物/代谢物、中心碳代谢物和毒物。METLIN对代谢物和其他小分子分别进行了分析，以提供经验和硅串联质谱数据。
mineXpert：开放软件 GPL基于图形用户界面（GUI）的质谱数据可视化/挖掘软件。支持离子迁移质谱。msxpertsuite.org软件套件的其中一个程序。
本文由北京百泰派克生物科技汇总编辑。
百泰派克生物科技专注于蛋白质理化性质分析及结构解析、以质谱技术为基础的蛋白质组学代谢组学技术，致力于建立国际领先的蛋白质研究分析技术平台，为各科研院所和大学提供高效、准确、性价比高的蛋白质（组）研究技术。
网友评论