在蛋白质质谱中，串联质谱（也称为MS/MS或MS2）一般用于蛋白质/肽鉴定。肽鉴定算法分为两大类：数据库搜索和从头搜索。前者针对包含假定存在于样品中的所有氨基酸序列的数据库进行搜索，而后者则是在不了解基因组数据的情况下推断出肽序列。
接着前两期给大家介绍的数据库搜索软件、头测序软件和同源性搜索软件，这期我们来说说MS/MS肽定量分析软件。
软件类型介绍
MarkerView Software：自营一款用于代谢组学和蛋白质组分析的定量质谱数据集统计分析商业软件。
Mascot Distiller：自营一款峰值选取和原始数据预处理软件。该软件有一个可选的工具箱，用于非标记定量以及等压标记和同位素标记。支持所有主要仪器供应商提供的原始文件格式。
Mascot Server：自营只要所有需要的信息都是MS/MS图谱的一部分，这款搜索引擎就可支持基于等压标记的定量。
MassChroQ：开放资源非标记或各种同位素标记法（SILAC、ICAT、N-15、C-13…）的肽定量分析，与高分辨率和低分辨率光谱仪系统协作，支持复杂的数据处理，如LC-MS分析（SCX、SDS-PAGE等）之前的肽或蛋白质分馏。
MaxQuant：免费软件由德国马克斯-普朗克研究所的Jürgen Cox等人开发的定量蛋白质组学软件，该软件用C# 编程语言编写，可分析非标签和基于硅烷的蛋白质组学实验。
MultiQuant Software：自营可处理来自TripleTOF或QTRAP系统的定量数据集，包括MRM和SWATH采集。
OpenMS/TOPP：开放资源软件C++库用于LC-MS/MS数据管理和分析，为质谱相关软件的开发提供基础。支持肽和代谢物定量，支持非标记和基于同位素标记的定量（如iTRAQ、TMT和硅烷），以及靶向SWATH-MS定量。
OpenPIP：网站，开放OpenPIP 是InterVenn Biosciences开发的一个基于web的开放性访问工具，用于集成在多反应监测（MRM）实验中获得的峰值。该软件由递归神经网络驱动，并完成了大量人工标注的色谱峰训练。
ProtMax：免费软件ProtMAX是维也纳大学的Volker-Egelhofer开发的用于分析鸟枪蛋白质组学质谱数据集的软件工具。
Spectronaut：自营Biognosys AG（瑞士施利伦）基于mProphet算法开发的定量蛋白质组学商业软件，该算法允许对非标记肽定量的DIA（数据独立采集，也称为SWATH采集）数据集进行有针对性的分析。
Skyline：开放资源开放性资源（Apache 2.0）Windows客户端软件，由华盛顿大学MacCoss实验室开发，支持构建选择性反应监测（SRM）/多反应监测（MRM）、并行反应监测（PRM-目标MS/MS），数据独立采集（DIA/SWATH）和MS1定量方法定向DDA，并对所得质谱数据进行分析。
SWATH Software 2.0：自营PeakView内的商业软件处理工具，支持对SWATH采集数据进行有针对性的数据处理。使用蛋白质/肽离子库，生成片段离子提取离子色谱图（XICs），对库中的肽进行评分和量化。错误发现率分析（FDR）后，过滤结果，导出定量肽/蛋白质数据进行统计分析。
BACIQ：开放资源BACIQ是一种数学上非常严谨的方法，它将肽强度和肽测量一致性集成到蛋白质比率（BACIQ）的置信区间中。BACIQ的主要优点是：1）它不需要基于任意截止值对报告的肽信号设置阈值，从而报告来自给定实验的更多测量值；2）可以不重复地分配置信度；3）对于重复实验，BACIQ提供量化蛋白质的联合置信区间而不是交叉项置信区间；4）对于重复实验，BACIQ置信区间比基于蛋白质测量一致性的置信区间更具预测性。
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