MetaPhlAn 使用

安装：conda install -c bioconda python=3.6 metaphlan

根据自己的python版本自行修改python=x.x

第一次运行，如果没有相应的数据库，程序会自动下载，并检查md5。

数据库下载慢，找的别人的百度云存的：

实际用的指定到mpa_v30_CHOCOPhlAn_201901, 用最新的版本

报错：Use of uninitialized value $bt2_args[2] in join or string 

搜索下：https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/issues/101

跟bowtie2比对时的一个参数有关，可以忽略。

MetaPhlAn支持PE reads，但并没有使用PE的关系，只是简单的把fq cat到一起，当做2条跑的。

也可以分开跑，首先跑bowtie2比对：

比对率特别低，不明白。于是找来文献看。MetaPhlAn是根据marker gene（选取单拷贝的CDS序列，约占真个细菌基因的4%），进行精准的物种鉴定。不是全选择16S基因（16s基因是多拷贝，但在特定菌种里拷贝数恒定）。用于宏基因组（非16S测序，非宏转录组）测序的快速物种鉴定分析。自带相对丰度计算、绘图功能。

选取marker占基因的4% 在本clade里保守；与其他的clade相似性低 选择的CDS序列都是单拷贝的，为了做定量计算；

所以，这个软件我个人认为仅适用于宏基因组测序的数据！不能用于16S或者宏转录组！

参考：

https://huttenhower.sph.harvard.edu/metaphlan

MetaPhlAn2-增强版宏基因组分类谱工具_刘永鑫的博客——宏基因组公众号-CSDN博客

MetaPhlAn3安装及使用_dys的博客-CSDN博客