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芯片质量分析图

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所有样本的基线处于一个0的水平线上
RNA降解图，这样的图就表明芯片质量很好

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每个圆圈大小不一样：大：更多差异基因富集在这个上，颜色越深，表明更大程度的富集 image.png

差异基因上下游之间关系

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共表达，，不同颜色代表一个模块，，找到所感兴趣的模块，与临床信息做比对，确定哪一个模块

如何利用GEO数据库对芯片简单分析

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10个样本做基因芯片，叫系列series，用什么手段检测样本的基因表达量，就是平台，

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确定数据类型：基因芯片、甲基化、等等

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要把这些差异基因下载下来的话要复制粘贴就可以了，但有些没有基因名字，这些基因删掉就可以了

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把基因芯片检测到的所有基因都做成一个表格，包含有差异和无差异的
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要保存，，复制粘贴跟前面不一样‘
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打开excel，粘贴，这时所有数据都搞在第一列，这时需要分开放在不同的列里面
选中第一列------数据---分列--固定宽度
--固定宽度
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没有分开的单击一下就行了，下一步完成既可以了，去除分号，替换成空格

数据的中位数在同一个水平线上

制作热图，

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GEO在线工具制作热图
只有有热图的项目才可以做热图
芯片质量评估、R

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左上灰色分布图，，，灰色均一，
2 白色灰色权重较高，权重随机分布，分布均匀

3.残差点：点随机分布，，绿红蓝点随机分布，质量可以过关

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1.做RLE比较简单
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都要在0
2.做NUSE
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中心处于一致水平接近于1
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5端开始降解，若斜率很低和很高，，降解多，芯片质量有问题

r分析

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下载原始数据

残差图、权重图

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RLE

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NUSE

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RNA降解图

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数据下载和预处理

GEO数据库里真正下载的是三个文件，平台文件、SERIES MATRIX FILE、RAW.tar

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平台的话点进去，拉到最下面

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点击如图，如果download不一定有的话，，点下面那个ANNOTATION SOFT table也可以的