化学信息学可分为两大组成部分，即可化学物质和化学信息和媒体形式的化学信息
前者是通过测量得到的化学成分相关信息，如理化性质、成分结构
后者是化学信息的记录和传播手段，通过书籍、期刊、专利、数据库等可共享化学信息
化合物结构编码
线性编码、连接表、连接矩阵、键-电子矩阵、逻辑谓词
分子描述符
指的是采用一系列数值对分子结构进行定量描述，或者称为分子结构的数字化，借助QSAR（定量构效关系）的需要，分子描述符的研究得到了飞速发展，分为经验参数、拓扑类参数、组成类参数、几何类参数、电子类参数、量子化学参数、三维及高维参数等
经验参数：疏水性、电性、氢键、电荷转移常数，偶极矩，立体参数，摩尔折射率，范德华半径，分子表面积，分子体积
拓扑类参数：Wiener指数，分子链接性指数，分子ID指数，Kier形状指数，分子柔性指数等由化合物结构信息经过一定数学计算而得来
组成类参数：分子量，环数量等
几何参数：键长、键角、二面角，分子体积等
量子化学参数：反应分子中原子电荷分布、分子极性和分子反应信息，由量子化学计算得来。原子电荷、分子轨道、原子-原子极化度、分子极化度
三维及高维参数：常用的3D-QSAR方法CoMFA、CoMSIA
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