棒棒糖图

教程：
https://mp.weixin.qq.com/s?src=11&timestamp=1603957858&ver=2673&signature=BHAEPnbtRdeDK-aPOB9OgMwoGPxBSioQjgEB8lRu-MzYowi20ti5g1G6YNJh24K89*yXFqzCmypA8G-UIelTIXYKlJttwsv8r93xni7vGp7-K3TxYiOHqd44cRhCJznu&new=1
棒棒糖图表可以使用ggplot2创建:诀窍是将点的geom_point()与茎的geom_segment()结合起来。参见这个基本示例，了解如何继续进行

image.png
关于加数字这个操作，我觉得有点多余，如果想加可以参考以前的火山图加标签。

在火山图上标记基因(方法一)
https://mp.weixin.qq.com/s/EfiiAxAvqlj-UHz3R2eudg
在火山图上标记基因(方法二)
https://mp.weixin.qq.com/s/K0NpVkkoA9hx17Bg6dEEgw
在火山图上标记基因(方法三)
https://mp.weixin.qq.com/s/kSkA4J49cn_9k8y-JVSPpQ

library(tidyverse)

# Create data
data <- data.frame(
  x=LETTERS[1:26],
  y=abs(rnorm(26))
)

# plot
ggplot(data, aes(x=x, y=y)) +
  geom_segment( aes(x=x, xend=x, y=0, yend=y)) +
  geom_point( size=5, color="red", fill=alpha("orange", 0.3), alpha=0.7, shape=21, stroke=2)

image.png

library(tidyverse)
# Create data
data <- data.frame(
  x=1:75,
  y=abs(rnorm(75,sd = 50)),
  group = sample(LETTERS[1:3],75,replace = T)
)

# plot
ggplot(data, aes(x=x, y=y)) +
  geom_segment( aes(x=x, xend=x, y=0, yend=y,color = group)) +
  geom_point( aes(color = group),size=2,  alpha=0.7, stroke=2)+
  theme_bw()

image.png

使用coord_flip()函数翻转图表非常简单

#######使用coord_flip()函数翻转图表非常简单
#Libraries
library(ggplot2)
# Create data
data <- data.frame(  x=LETTERS[1:26],  y=abs(rnorm(26)))
# Horizontal version
ggplot(data, aes(x=x, y=y)) + 
  geom_segment( aes(x=x, xend=x, y=0, yend=y), 
                color="skyblue") +  
  geom_point( color="blue", size=4, alpha=0.6) +  
  theme_light() +  
  coord_flip() +  
  theme(    panel.grid.major.y = element_blank(),  
            panel.border = element_blank(),  
            axis.ticks.y = element_blank()  )

image.png

加基线只需更改geom_segment()调用中的y参数

#最后，您可以很容易地更改图表的基线。如果您感兴趣的数据中有一个特定的阈值，那么它将提供更深入的理解。您只需更改geom_segment()调用中的y参数。
# Libraries
library(ggplot2)
# Create data
data <- data.frame(  x=LETTERS[1:26],  y=abs(rnorm(26)))
# Change baseline
ggplot(data, aes(x=x, y=y)) + 
  geom_segment( aes(x=x, xend=x, y=1, yend=y), color="grey") + 
  geom_point( color="orange", size=4) +  
  theme_light() +  
  theme(    panel.grid.major.x = element_blank(),  
            panel.border = element_blank(),   
            axis.ticks.x = element_blank()  ) + 
  xlab("") + 
  ylab("Value of Y")

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加基线翻转图表

library(ggplot2)
data <- data.frame(
  x=1:25,
  y=sort(abs(rnorm(25,sd = 50))),
  group = sample(LETTERS[1:3],25,replace = T)
)
# Change baseline
ggplot(data, aes(x=x, y=y)) +
  geom_segment( aes(x=x, xend=x, y=50, yend=y), color="grey") +
  geom_point( aes(color = group), size=2) +
  theme_light() +
  theme(
    panel.grid.major.x = element_blank(),
    panel.border = element_blank(),
    axis.ticks.x = element_blank()
  ) +
  xlab("") +
  ylab("Value of Y")+
  coord_flip()

image.png