1. 安装
将高压均质机置于平坦结实的桌面，就位后将高压泵、均质阀、压力表、单向阀、样品罐等组件逐一安上（各组件相对独立，可独立拆卸和安装）。
与此同时，备好空气压缩机或氮气罐以及循环冷却水，空气压缩机或氮气罐用以提供动态均质阀所需的极小压力（5-10bar）以及管道冲洗时的压力，循环冷却水作为样本制冷时的冷源，可保证样本在均质过程中保持较低的温度，避免样本变性和失活。
2. 清洗和消毒
在开机之前需检查整个样品通路，确保管路的清洁。将整个样品通路中的各组件全部拆下，先用纯水冲洗，再用0.5M NaOH短时间冲洗，最后用温水冲洗干净即可。
待清洗干净之后，可用热蒸汽对各个组件进行消毒灭菌，亦可在安装之后对管路进行10min左右的热蒸汽循环灭菌。
3. 操作
均质机启动之前，检查均质料液，确保不含杂质，杂质颗粒尤其是金属颗粒会损害管路和均质阀，缩短均质机的使用寿命；检查管路，确保各组件正确安装和密封，各处螺栓已完全锁紧；检查气源（压缩机或氮气罐等），确保能提供工作时所需的压力；检查冷却水，确保已按工艺要求提前制备好冷却循环水，并接通冷却水管路。
上样之前，将管路中残存的少量液体完全排空，然后将样品导入样品罐中，并在空压下循环预均质两遍。然后按工作要求提升均质压力开始均质，待均质结束之后将压力降为零，并排空料液。
4. 维护
均质结束之后，立即用温水、0.5M NaOH循环清洗，最后再用清水冲洗，在此过程中，可适当地加气加压冲洗，加快循环，使管路冲洗更为快速和彻底，最后再用50%酒精循环冲洗1-2遍，即可完成整个清洗过程。在管路清洗结束之后，将70%酒精溶液充满样品罐和管路，以备下次使用。若是需要对整个管路灭菌处理，则在清洗结束之后，对管路进行10min左右的热蒸汽循环灭菌。
最后，关机、切断电源，关气源和冷却水等。
5. 注意事项
5.1 均质压力
均质压力应根据料液的特性决定，提升压力的过程中其压力应逐步调节，避免压力突变。
均质过程中，物料均质压力一般不得超过2000bar，超负荷运转时，设备可短暂的超压20%运行，此后控制箱电路会自动开启切断保护功能使设备停止运行，30秒之后即可再次开机和工作。
若是在均质过程中出现压力无法上升的情况，表明上单向阀堵塞，只需用细铁丝通球阀即可。
5.2 样品回流、倒喷
均质过程中，应注意管路中样液流出管路的状态，若是出现回流或是倒喷，表明下单向阀堵塞，只需拆卸下单向阀，疏通阀孔即可。
5.3 液体泄漏
高压均质机的整个样品通路中没有o-型圈或是垫片，所有的面密封均为精密加工的金属对金属或是金属对陶瓷的密封，一般不会出现液体泄漏现象。但若是安装不当，如样品罐与单向阀扣合不完全、某一组件拆卸后未安装好则会导致漏液，此时只需检查管路并严格按照安装手册要求将各个组件正确安装即可。
此外，在加气加压冲洗样品通路时，若是样品罐未完全盖好，则会出现液体因气压作用冲出样品罐而导致样液漏出，此操作不会影响均质过程，但会弄脏整个外部管路，影响机器美观及维护，若是样品有毒有害则会危污染操作环境及操作人员，此时只需完全旋紧样品罐后再加气加压冲洗样品通路即可避免上述现象的发生。
5.4 样品含有气泡或走空
采用动态均质阀的高压均质机，允许样品含有气泡或是样品走空。样品含有气泡或走空时，在均质过程中使得均质阀杆和阀座产生一定程度的碰撞，对阀杆和阀座有较大的磨损，尤其是对于手动调节的均质阀，不仅易造成均质阀磨损，甚至会直接导致均质阀的碎裂而无法使用，此外还会使得均质过程中产生极大的噪音。
动态均质阀则会较好地减小其破坏性和噪音，但是一般建议尽量避免长期使用含有大量的气泡样品和管路中样品走空情况的出现，可有效延长均质阀的使用寿命。
5.5 冷却水
样品冷却方式采用逆流换热，即换热器下端接进水口，上端接出水口，即可实现有效制冷。
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