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开源二维水动力学软件Anuga

开源二维水动力学软件Anuga

作者: 菲斯坦但提勒斯 | 来源:发表于2020-02-18 11:13 被阅读0次

    简介:anuga是一款基于python27的开源水动力学软件。由于是基于python 的,方便实用。易于编程和集成。从本文开始将持续记录我在使用它的过程中探索的技术细节。望对大家有所帮助。

    一、下载和安装介绍

    https://anuga.anu.edu.au
    上面这个网站是介绍anuga如何下载和安装的。注意anuga是在linux上开发的,因此首先支持的是linux,并且推荐的版本是ubuntu。
    当然它也可以支持在windows和macos系统。
    源代码下载地址为https://github.com/GeoscienceAustralia/anuga_core
    通过这个地址可以手动下载你需要的版本。
    https://anuga.anu.edu.au官网上介绍了基于linux的安装步骤以及基于windows的安装指导。大家只要英文能看个大概,严格按照步骤操作就可以搞得定。本文我参考了基于linux的安装方式完成了在MacOS上的安装。希望对大家有所帮助。

    二、安装环境

    电脑:MacbookPro
    系统:MacOS Mojave 10.14.6

    三、安装步骤

    1、安装python环境,借鉴官网上windows安装帮助中采用的miniconda集成环境,我在mac上安装的是anaconda3集成环境。您可以根据情况采用,可以选择miniconda或者anaconda2都可以。我采用anaconda3的目的是我还有很多其他python程序要用的到它。
    anaconda3下载地址,推荐下载这个GUI installer版本。看个人习惯。
    下载之后,双击运行安装即可,一路下一步即可安装完成。
    2、创建anuga虚拟环境
    打开mac的终端程序,敲入命令:

    conda create -n anuga -c conda-forge python=2.7 git pip nose numpy scipy netcdf4 matplotlib gdal dill
    

    注意,这里使用命令行方式创建,同时下载python2.7,因为anaconda3下载时没有下载python2.7,仅仅下载了python3.7
    3、激活anuga环境(退出的命令是conda deactivate)

    conda activate anuga
    

    对应的退出环境命令是(在不使用时退出,这里先不退出)

     conda deactivate
    

    (在激活环境之后,命令行敲入python命令的话,出现的版本是python2.7,如下

    [GCC 4.2.1 Compatible Clang 4.0.1 (tags/RELEASE_401/final)] on darwin
    Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
    >>> 
    

    可以自行检查一下)
    4、下载源代码
    有两种方法
    1)命令行

    git clone https://github.com/GeoscienceAustralia/anuga_core.git
    

    2)访问https://github.com/GeoscienceAustralia/anuga_core自行下载
    下载后记住目录。anuga
    我采用的是方法2)地址在/Users/zhangyuesheng/Downloads/anuga_core-2.0.3
    5、安装openmpi or mpich
    (可选配置,由于anuga支持并行计算,如果你需要并行计算的话,建议安装,我安装的是openmpi),安装方法:

    brew install openmpi
    

    brew 是Homebrew软件的命令行,Homebrew的安装见Mac下Homebrew的安装https://www.jianshu.com/p/fc2221b31d5c)安装完毕之后请配置并行计算用的环境变量

    vi ~/.bash_profile
    

    根据你的需要加入如下三行中的一行:并行软件是openmpi是选第一行,是mpich是选第二行,不使用并行计算时选第三行。

    export ANUGA_PARALLEL="openmpi"
    
    export ANUGA_PARALLEL="mpich"
    
    export ANUGA_PARALLEL="false" 
    

    按esc,:wq,退出保存后执行 source ~/.bash_profile,使环境变量生效。
    6、anuga安装
    切换到源码目录,运行下面的命令

    python setup.py install
    

    7、测试安装效果

    python runtests.py
    

    8、升级方案

    git pull
    python setup.py install
    python runtests.py
    

    或者重来一遍。

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