染色质免疫共沉淀实验（ChIP）因其能真实、完整地反映结合在DNA序列上的靶蛋白的调控信息，是目前基于全基因组水平研究DNA-蛋白质相互作用的标准实验技术。
ChIP是相对成熟的技术，但目前还存在一些技术难点。例如，ChIP实验涉及的步骤多，结果的重复性较低，需要大量的起始材料；染色质免疫沉淀获得的DNA数量往往很多，包含大量的非特异结合的假阳性结合序列。
因此在实验设计以及实验操作当中需要注意几个关键点来提高实验的成功率：
1，确认蛋白是否为核定位
2，摸索处理或刺激细胞的时间和浓度，必要的时候进行多时间点、多浓度的梯度摸索
3，每次实验都是用相同数量的细胞，保证重复性
4，严格控制甲醛交联的浓度和时间，避免交联过度导致非特异结合
5，摸索最佳的超声条件，DNA片段化至200bp-1kb
6，选择磁珠和严格ChIP验证的抗体进行免疫沉淀
7，使用纯化柱来纯化DNA，避免污染
8，设计合适的对照，Input、IgG、无抗体对照
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