安捷伦芯片DNA质检操作流程

#2 安捷伦芯片DNA质检操作流程

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**High Sensitivity DNA kit**

#1.配制Gel-dye Mix

1.1取15 μLdye(蓝色管) 入gel matrix(红色管)振荡15 s，混匀。

1.2转移至离心过滤柱，室温离心15min（2500 g =2500 rcf ?）。

**4℃保存，避光保存六周内有效**

#2. Gel-dye Mix loading

2.1取9 μL gel-dye mix注入G孔，放置到注射器指定位置，先抬升注射器至1 mL再扣紧，压胶60 s ,释放，5 s 后缓缓抬升回1 mL。（此步不是为了让胶分布到板各孔？）

#上样               

5.1各取5 μL DNA Marker(绿色管)至11个样品孔及Ladder孔。

5.2取1 μL Ladder至Ladder孔。

5.3取1 μL DNA sample至11个样品孔，如果样品数目不足，请往剩余样品孔内补充1 μL DNA Marker。

5.4涡旋振荡1 min。

**要求5 min内完成上机，否则可能get poor results！**

#6上机

6.1转移芯片至探头位置，轻轻盖好。

6.2安捷伦软件开启，

Assays -> dscDNA

-> High sensitivity DNA

-> 保存路径默认，进行样品命名。

-> Start  (约40min？ladder先出峰)

6.3运行完成后，点击Print获得PDF文档。

*注射器气密性检查：

$取检查气密性专用芯片放置好，先将注射器提升至1 mL，再扣紧。

（注射器有三档，最上档为RNA，最低档为DNA）

$下压1 min，随后松开。5 s内能自行抬升至〉1/2处，说明气密性良好。

*机器探头清洁*

$600-700 μL DEPC水注入Clean白板，移至检测位，轻轻盖上机盒，2 min后取出，甩干白板。

$同上，再洗一次，随后晾干2 min后再盖好。

$使用完之后，也如此清洗两遍。

**！注意事项**

$所有试剂及DNA样品使用前都需室温放置30 min，dye要注意避光。

$先开仪器，再开电脑，电脑不带手套操作。

$仪器运行时需保持平稳。

$仅离心管需要自备(Nuclease-free)

$全程手套口罩戴好。

#安捷伦谱图阅读

$关于文库DNA的出峰图，峰形不作特定要求，可后续筛去，但不可出现小杂峰。

$RNA的质检峰图，除了两个主峰，基线要尽量平整，不可有明显杂峰，否则即降解。峰图以瘦高为佳，矮胖型劣之。先看基本峰形，再看RIN值高低。