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创建R包+封装函数+上传到github

创建R包+封装函数+上传到github

作者: PriscillaBai | 来源:发表于2018-06-01 20:22 被阅读1次

去年就码好了的推文,但最近师兄的文章才见刊,所以只能今天才见光咯~

设备:MAC

工作环境:R studio

创建工作环境,修改程序及说明文档:
  1. 打开R studio,创建一个project: file-new project-new directory-R package。我们将本次创建的包命名为SCIA

  2. 修改home/SCIA/R文件夹中的.R文件,存储自己的程序;修改home/SCIA/man文件夹中的.Rd文件,存储函数解释文件。

    1.png
install.packages("devtools")
install.packages("roxygen2")
library(devtools)
library(roxygen2)
has_devel() ##检测环境,TRUE的时候继续

5.编写解释文件

file.edit(“DESCRIPTION”)

这一步,一定要用roxygen2包里自带的函数file.edit来改解释文件!!,否则后面封包的时候会报错!!!

封装数据集

如果我们想封装已知的数据集到包里,用来测试包是否好用

package.skeleton(name="SCIA",list=ls())

2.将生成的.rda文件放在data文件夹中


2.png
  1. 包封装好后,如想调用:
data(your dataset's name,package="SCIA")
生成R包

1.检查有没有错误

check()
  1. 右上角的build and reload,如果没有错误,就会自动安装
3.png
如何推送到github上
  1. 注册github账号

  2. 新建仓库

4.png
  1. 拷贝链接

    5.png

4.下载github客户端并打开

  1. 将链接粘贴过来
6.png
7.png
  1. 进入R包安装路径(/Users/baiyunfan/Library/R/3.4/library),将SCIA文件夹下的所有文件拷贝到github本地存储路径中(上图中的local path)

8.png
  1. 更新上传
9.png
  1. 再打开你的github主页,就会出现刚刚加进来的文件啦
10.png

如何从github上安装R包?

方法一

library(devtools)
devtools::install_github(“YiqunLiHIT/SCIA”)

方法二

library (githubinstall)
githubinstall (“SCIA”)

6.4日更

师兄用他的Windows电脑无法下载,证明Mac上传的包无法在windows中使用?

弄不明白了,我只好用Windows重做了一个。

工作环境:windows R 3.4.3

1. 预先配置:Rtools (版本一定要对应)

注意:一定要默认允许修改系统路径,不然没用

配置系统环境:

右键点击:我的电脑 > 属性 > 高级 > 环境变量 > 系统变量 PATH一项,点击“编辑”,在弹出的窗口中,值Variable Value应该含有如下路径:

c:Rtoolsbin;c:Rtoolsmingw_32bin;c:Rtoolsbin;c:Rtoolsgcc-4.6.3bin;C:ProgramFilesRR-3.3.1bini386;C:Program FilesRR-3.3.1binx64;C:ProgramFilesMiKTeX 2.9miktexbinx64;
2. 将写好的.r格式的代码文件和数据放在documents/R路径下
package.skeleton(name="SCIA",list=ls())  

此时会生成一个名为SCIA的包

3. 编写description文件
library(roxygen2) 
file.edit("DESCRIPTION") 
4. 进入控制台
cd R 所在目录
Rcmd check SCIA
Rcmd build --binary SCIA

注:一定要用windows的binary模式上传,才能和MAC是通用的。
剩下的就和上面的一样啦~

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