公孙鞅开启二次变法。再下令禁止父子兄弟居住在一起，撤并一些小的乡、邑为县级行政单位，每县置县令、县丞，全国共设三十一县。废除老的井田制，重新分配田地，实行更公平的赋税交纳细则，统一度量衡。四年之后，公子虔又犯了法令，被依法割去鼻子。五年之后，秦变的国富民强，周天子给秦孝公送来了祭肉以示尊崇，各诸候国都遣使来祝贺。
又过了一年，齐军在马陵大败魏军，俘虏了魏太子申，击毙大将军庞涓。又过了一年，公孙鞅向秦孝公进言：秦国与魏国，就像人的心腹里有病一样，人病不两立，不是魏国吞并秦国，就是秦国吞并魏国。为什么呢？魏国位于险峻的中条山的西面，国都在安邑，跟秦国以黄河为界却又独享崤山之东六国的利益。形势有利就会向西来侵犯秦国，不利则向东侵夺其他六国。现今秦国之所以强盛，全仰仗你的英明神武。去年魏国刚被齐国打败，各诸侯国也抛弃了他，现今正是伐魏的好时机。如果魏国抵挡不住秦国的进攻，必然向东迁，这样秦国就占据了原属于魏国的险要的黄河崤山，从而形成对东方六国的压制态势，这将成就你的帝王之业。
秦孝公被公孙鞅深深打动了，任命公孙鞅为将带兵征伐魏国。魏国派出公子卬率兵迎击，两军对阵之际，公孙鞅给公子卬写了张便条：之前我跟公子相处甚欢，而今各为其主了。但我还是不忍心咱们彼此互相残杀，愿意与你见个面结成联盟，高兴痛饮一场各自罢兵回国，这样可以保持秦国和魏国的和平安宁。
公子卬同意了，双方会盟仪式完毕，举杯相庆时，公子卬被公孙鞅安排早早埋伏的兵士给逮捕了。同时，对毫无准备的魏军发动进攻，全歼魏军。
由于魏国与齐秦的几次战争都失利了，国内空虚，国力日渐削弱，魏惠王非常恐慌，遣使者将黄河之西的土地全部献给秦国，以换取两国的和平共处。随后魏从安邑迁都大梁。魏惠王对没有听公叔座的建议而懊悔不已。
公孙鞅破魏凯旋而归，秦孝公将於（wū）、商一带的十五座城邑封赏给公孙鞅，人称商君。
商君在秦国担任丞相十年，很多皇亲国戚都怨恨他。赵良来见商君，通过两人对话可以知道赵良可能是个战国“名士”吧，极有可能是人们意淫出来的人物，散发着浓烈的酸味儿。
商君：我之前是通过孟兰皋结识你的，现在我们能交个朋友吗？
赵良：我不愿意。孔老夫子说过，如果一个人能够推贤荐能，就会有人才投奔他而来；如果一个周围全是坏蛋小人，那些有经济天下抱负的人就会远离他。而我是个没有本事的人，所以不敢接受做你的朋友的要求。我又听说，坐你不该坐的位子是贪位，享受你不该享受的名声是贪名。如果接受你的要求，恐怕就证明我是贪位又贪名的人了。所以我不能答应做你的朋友。
商君：你对我治理秦国不满意吗？
赵良：能听不同意见那叫有智慧，善于复盘反省才能世事洞明，克制超越自我才是真正的强者。虞舜曾经说过，态度谦逊行事低调的人最值得尊重。你按照虞舜讲的道理去做就可以了，没必要再问我了。
商君：秦国过去风俗就像蛮荒化外的戎狄一样，父子无差别，同住在一间房子里。我当政之后，易风移俗，实现了男女有别，建设盛大的城阙宫室，把秦国经营的跟鲁国卫国一样。你看我治理秦国取得的成绩与百里奚相比谁更胜一筹呢？
赵良：一千张羊皮的价值，抵不上一只狐狸的腋下的一块皮；一千人顺从的唯唯诺诺，抵不上一个直言诤友。周武王有诤臣而国家繁荣昌盛，商纣王因为臣工们禁若寒蝉而亡国。如果你认同周武王，那我请求在这次谈话中一直只说真说而不受到惩罚，可以吗？
商君：俗话说的好，好听的话就像花朵，正直的话就像果实，难听的话就像良药，甜言蜜语就像害人的病菌。如果你跟我只说正直的真话，就是给我的治病良药啊。我准备起用你，你为怎么能推辞呢？
赵良：百里奚，原来是楚国的一个粗鄙下等人，听说秦缪公是个有作为的君主就想去投奔。但苦于没有路费，就把自己卖身给了秦国的客商，每天披着短袄给人喂牛。一年之后，秦缪公知道这件事情，就把给客商喂牛的百里奚给赎买了回来，擢拔到管理百姓的高位，而秦国没有人敢对比提出非议。百里奚担当秦国的丞相六七年时间，秦国曾经向东征伐郑国，扶植了三代晋国国君，救了一次楚国国难。在国内实行风俗文化变革，这让蛮夷巴国向秦国主动进贡；对各诸侯国施加仁德，让西边的各个少数民族都来表示归服。一个叫由余的有本事的人，也来投靠百里奚。百里奚做为秦丞相，再累也不在车上坐着（站在车上），盛夏时也不打太阳伞，在国中行走从未不要警卫车辆和卫兵，他的功绩都被记录在案放在国家档案馆里，他的仁德泽被后世。百里奚死后，秦国人不分男女全部痛哭流涕，连儿童都不再哼唱歌谣，捣米的人也不喊号子。这就是百里奚的德行。
而你是通过秦孝公的男宠景监的引荐得到接见的，这不是爱惜名誉的人应该做的事情。做为秦国丞相，不以为人民服务为第一要务，反而大拆大建城阙宫室，这不是建功立业的人应该做的事情。惩罚刺字国家接班人的师傅，严刑峻法对待人民，这些都是在为自己积累怨恨，埋下祸根。在位者身体力行要强于下发命令，人民群众不会看你怎么说但会效仿你的行为。你现在所干的事情都违背了常理，是没办法教化人民的。现在做为商君又自称寡人，经常利用刑法来约束甚至逮捕秦国的公子。《诗》上说老鼠也是四肢体健全的，一个人难道不应该讲礼吗？如果人不讲礼，还不如早点死了算球。按《诗》上的意思，你这不是长久长寿之计。
公子虔已经八年不出门了，你还杀了祝懽又刺字了公孙贾。《诗》上又说得到人民的拥护就能兴旺，反之就会失败。你干的这几件事情，不能称之为得到人民的拥护。你现在出行，后边跟着几十辆车，每辆车上都载着兵器铠甲，你的车上站着大力士安保人员，全副武装的士兵两侧随车队奔跑警卫。如果以上条件有一件不具备，你打死都不出门。《书》上说凭恃仁德才可以昌盛，凭恃武力会带来覆灭。从这来看，你的处境危险的像早晨的露珠，难道还在幻想长命百岁？
现在为什么不把你的商於封地退还给秦孝公，请求退隐荒郊野岭，同时劝说秦孝公重用隐居的高人，尊养老人善抚孤儿，提倡恭敬父亲和兄长，尊重有德行的人。如果你还贪恋商於的富贵，专擅政令下达和总裁的荣光，积累人民的怨恨，你的靠山秦孝公一旦死了，秦国想致你于死地的人难道会少吗？你灭结局肯定是一抬脚的功夫就可以见到了。
商君没听赵良的，心里肯定在说你丫根本就不懂权力的本质！
两人谈话五个月之后，秦孝公死了，太子接班上位，后人称之为秦惠王。公子虔一伙儿的人诬告商君准备谋反，派兵捉拿商君。商君出逃至函谷关下，准备住宾馆休息。前台也不知道他是商君，对他说，商君法令规定，住店如果不验明身份那负责人就要连坐。商君长叹一声，唉，这法令的坏处终于落在自己的头上了。只好继续出逃魏国，魏国对他用阴谋诡计欺骗公子卬导致魏军大败，不接受他的避难请求，商君准备去其他国家碰碰运气。
魏国有人说，商君现在是秦国的逃犯，秦国现在比魏国强大，而他的犯人逃到了魏国，如果我们不把他遣返回秦国境内是不对的。商君回到秦国奔回封地大本营，带着一帮门客发动封地家兵向北攻击郑国边境，希望突围自救。秦国发兵从背后夹击商君，在郑国黾池杀死商君。
秦惠王把商君的尸体车裂示众，说：谁也不要像商君一样造反！随后，把商君之家满门抄斩。
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