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TCGA数据库的肿瘤病人也是有药物反应信息的

TCGA数据库的肿瘤病人也是有药物反应信息的

作者: 因地制宜的生信达人 | 来源:发表于2018-12-25 18:44 被阅读129次

TCGA数据库的肿瘤病人也是有药物反应信息的

August 2018文章<Systematic identification of non-coding pharmacogenomic landscape in cancer>看到,作者使用了 49 FDA approved drugs to the 5605 tumor samples from 21 cancer types 这样的信息。

To determine whether cancer cell line based LENP model could predict patient drug response, we applied the LENP models to TCGA tumor lncRNA expression profile and predicted patient drug response across 21 cancer types

作者使用生存曲线来作为药物治疗的指标,而一个病人通常会受到多个药物治疗,所以需要根据NCCN治疗指南来矫正不同药物作用。

作者还找TCGA团队申请了 病人的原始治疗记录。

也就是说其实TCGA数据库的肿瘤病人也是有药物反应信息的,如果拿的,那数据挖掘的方法就更加丰富了。

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