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CT重建程序安装与运行

CT重建程序安装与运行

作者: XinbinLi | 来源:发表于2019-03-19 21:38 被阅读0次

    1. 安装

    Conrad官网:https://www5.cs.fau.de/conrad/

    1.1 安装java

    java安装推荐采用jdk8,不要采用jdk11,不兼容。

    1.2 安装eclipse

    不推荐安装新版的eclipse,同样不兼容。

    1.3 更新显卡驱动到最新

    1.4 导入Conrad包

    从GitHub上下载Conrad包,网址:https://github.com/akmaier/CONRAD。该版本的Conrad最为稳定,推荐采用。

    1.5 安装推荐

    1. win10:

    eclipse-2018-12-R + jdk-8u202

    1. Mac:

    eclipse-java-neon-3 + jdk-8u202

    注意:eclipse需要选择java开发者的版本。

    1.6 环境变量配置

    配置Java环境变量(Mac也需要配置),自行百度搜索。

    2. 运行

    2.1 开始运行

    1. 新建eclipse专用的workspace文件夹,将Conrad解压后的文件夹放置于workspace中。
    2. 打开eclipse,选择打开目录为新建的workspace文件夹。
    3. 新建Java Project,Project name为workspace中的Conrad解压后的文件名,然后直接点击“完成”完成Conrad包的导入。
    4. 将Conrad包中数据层次排列


      Screen Shot 2019-03-19 at 21.09.40.png

    2.2 检查是否出错

    查看Conrad树形结构上是否出现错误标识,如果是警告⚠️则可以忽视。

    2.3 运行程序

    如图所示,打开ReconstructionPipeLineFrame.java,并用java运行。


    Screen Shot 2019-03-19 at 21.11.32.png

    第一次运行,一般会出现GPU的选择框,请选择独立显卡,这样之后重建速度会快上很多。
    同时右键属性设置内存,看电脑内存多大,我这里设置为8G。


    WX20190319-211412@2x.png

    2.4 重建操作

    1. 用ImageJ打开投影图像文件,为了保存重建图像,需要设置ImageJ

    Edit -- Options -- Input/Output,勾选 Save TIFF and raw in Intel byte order

    选择当前图像“Use Current ImagePlus”

    1. Edit PipeLine设置重建流程,一般如下所示:


      WX20190319-211916@2x.png

      其中,如果对相衬信息重建,则斜坡滤波器改为希尔伯特滤波器Hilbert Filtering。

    2. Edit Configuration设置
      3.1 Volume设置:重建像素可选,一般可由放大比计算得来。重建后的像素大小,则采用

    重建像素数目 > 探测器像素数目 * 探测器像素大小 / 放大比 / 重建像素大小。

    设置后,点击 Centre Volume,将重建图像居中。

    WX20190319-212424@2x.png

    3.2 Detector设置:添加探测器像素数目和像素大小。

    Configure absorption behavior -- Marerial Path Length Detector -- 4(default)。

    Screen Shot 2019-03-19 at 21.26.06.png
    3.3 Trajectory设置:一般只需要更改源-探测器间距、源-样本间距、投影数(projection stack size)和投影角度间隔(Average angular increment),其他默认不变。点击 Define a trajectory,再点击save(最好每页参数设置都点击save)。 WX20190319-213147@2x.png WX20190319-213218@2x.png WX20190319-213230@2x.png

    3.4 选择图像输出

    Choose Output -- Image Plus Projection Data Sink.

    Screen Shot 2019-03-19 at 21.34.03.png

    虽然后点击

    configure -- Reconstruct

    开始重建。重建结束后,将重建结果保留,建议将Reconstruction字眼和重建图像尺寸放入文件命名当中。

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