使用IGV根据引物确定PCR产物序列位置

IGV是一个十分常用且好用的可视化基因组NGS测序信息的软件包，很厉害的一软件，不仅可以windows可视化操作，还可以写代码获取自动截图等，软件官网：http://www.igv.org/

IGV经常用于NGS测序数据的可视化，导入比对生成的Bam文件，即可查看到你想要位置的序列比对信息（后续可以详细介绍一下IGV的使用），示例如下：

NGS测序数据Bam文件IGV可视化

回归主题，那么如何使用IGV根据引物序列确定PCR产物序列以及所在基因组的位置呢，当然这个和上一篇文章所用In-Silico PCR工具一样只能手动少量操作，很难处理大量数据，也可用来对其他方式获得的结果进行确认：

这时就要使用到IGV的Tools目录的Find Motif..命令（参考基因组的话根据需要选择即可）：

IGV Find Motif工具

将你的两个前后两个引物序列分别输入到上图的Search Pattern下的输入框中，然后点击OK即可：

这里还使用上一篇文章中的引物序列：

Gene：HS3ST2

PCR product size：140bp

Primer-1：ATAATTTCCAGAAAG

Primer-2：AGCATGAGAAAGAGGGACA

打开IGV，首先输入基因HS3ST2，并点击GO，就到了该基因所在位置，

然后再使用Tools目录下的Find Motif..命令分别输入前后两个引物序列，引物序列较短，需要不断调节IGV的标尺（右上角+号）达到合适的大小，最后结果如下:

IGV查找结果

验证结果与上一篇文章两个方法完全一致！相当于对上述两个结果进行了验证，哪个方法你感觉方便用哪个就好了！