conda

一、conda介绍

最初接触到Anaconda是用于Python包的安装。Anaconda囊括了100多个常用的Python包，一键式安装，解决Python包安装的痛苦。但后来发现，其还有更多的功能，尤其是其增加了bioconda (https://bioconda.github.io/index.html)频道后，生物信息分析的1500多个软件都可以一键安装了，免去了编译时间浪费和解决库文件安装的问题。

    miniconda是anaconda的轻量级替代，安装它就不用安装anaconda，miniconda的功能足够我们后续安装软件使用，不需要同时安装两个。

二、安装conda

生信推荐使用miniconda。

下载网址

conda官网：https://conda.io/miniconda.html

在miniconda2安装过程中我们可以指定安装路径

三、镜像添加

3.1 添加清华镜像（已恢复使用）

conda镜像：

# 添加清华镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

3.2 添加官方频道（我们添加了清华镜像即可）

conda config --add channels bioconda

conda config --add channels conda-forge

官方的话这两个channel应该就够了的。

conda config --add channels genomedk

查看已经添加的channels

conda config --get channels

已添加的channel在哪里查看

vim ~/.condarc

(添加镜像这个道理跟家里的电视机是一样的，安装conda就相当于买了一台电视机，但是有电视了不意味着你就能看节目了，你要手动添加频道才能看你想看的电视节目。)

四、使用conda