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常用生物学软件的安装与应用(二) —DNAMAN

常用生物学软件的安装与应用(二) —DNAMAN

作者: 投必得专业论文编译 | 来源:发表于2020-11-01 15:32 被阅读0次

    导语

    上期小编给大家介绍了一款用于分子克隆的软件SnapGene(常用生物学软件的安装与应用(一)),受到广泛好评。本期,小编为大家介绍另一款生物学软件DNAMAN,这是一款专门用于序列比对的软件。由于其序列比对显示的结果非常清楚,很多文献中的序列比对结果正是通过DNAMAN来呈现的。这里小编跟上期一样,先给大家介绍软件的安装,再介绍其常用的功能。

    (小伙伴们分享推文后,联系小编,备注“DNAMAN”免费获取软件安装包,感谢支持。)

    01软件安装

    软件解压后,先点击Setup.exe安装原版,安装完成先不要运行DNAMAN;复制DNAMAN.exe 到安装目录下(默认目录为C:Program Files (x86)DNAMAN),替换同名文件即可。

    02常用功能

    还是先看一下DNAMAN的初始界面,从上到下分别是:

    主菜单:文件,编辑,查找,酶切位点,引物等;

    工具栏:新建,打开,打印,复制,粘贴等;

    浏览器栏:界面显示,前进,后退等。

    最左侧的则是Channels工具条,用于存放DNA或蛋白序列,DNAMAN中提供20个Channels,也就是一次性能导入20条序列。

    1序列比对 

    (1)导入序列

    先选中某个Channel,单击菜单→【Sequence】→【Load Sequence】→【From Sequence File】选中相应的序列文件即可导入序列。

    也可以点击工具栏中的新建序列文件,将序列复制到对话框中,选中序列,再选中相应的Channel,单击菜单→【Sequence】→【Load Sequence】→【From Selection】。

    (2)多序列比对

    单击菜单→【Sequence】→【Alignment】→【Multiple Sequence Alignment】,在Sequence窗口中选择DNA或者蛋白选项,点击【Channels】进入Selection窗口,选中需要比对文件所在的channel,点击【OK】加载序列,然后在Sequence窗口中点击【下一步】进入比对方法窗口,这里选择默认的比对方法。

    比对完成后的结果如下,不同的颜色表示不同的比对情况,如绿色表示其中两条序列比对上,红色表示3条序列比对上,黑色则表示4条序列都比对上。比对结果通常以图片形式展示,方法是选中需要显示的序列,Ctrl+C复制,在左上角出现的窗口中选择Graph格式,然后粘贴到Word或者PPT等文件中即可。如果要用比对后的文件做后续的分析,则单击菜单→【File】→【Save As】,保存成.msd文件,可以用于构建进化树等分析。

    2酶切位点分析 

    加载序列后,单击菜单→【Restriction】→【Restriction Analysis】,选择需要分析的酶切位点,点击【完成】即可。分析结果会给出序列上酶切位点的具体位置,也会给出相应的示意图。

    3引物设计 

    加载序列后,单击菜单→【Primer】→【Design PCR Primers for DNA】,引物设计的选项与在线的Primer3相似,主要选择PCR产物长度、正/反向引物的范围和引物长度等参数。给出的结果中包含引物位置、引物序列和Tm值等信息。

    关于DNAMAN的常用功能就介绍到这里,另外DNAMAN还可以用于序列同源性分析,画质粒模式图等等,在此不做进一步的介绍。如果有使用方面的任何问题欢迎在留言处留言。

    如果大家觉得有用,欢迎随手分享,让更多有需要的小伙伴看到。

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