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samtools问题

samtools问题

作者: 蜡笔小生信 | 来源:发表于2020-06-08 11:10 被阅读0次

当用samtools将bowtie2比对的sam文件转化为bam文件时遇到问题:

samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0 : cannot open shared object file: No such file or directory

自己的解决方案

建立conda环境

source deactivate
conda deactivate
conda create -n xxx python=3.7 samtools
conda activate xxx

最后再成功运行samtools

time samtools view -@ 40 -b -S final.sam -o final.bam

查阅资料解决方法如下(我没下载成功):

没有libcrypto.so.1.0.0库,libcrypto.so.1.0.0库包含于libssl1.0.0库中
若已下载libcrypto.so.1.0.0或libssl1.0.0,则需要找到库的路径并建立软连接即可
ln -s /lib64/libbz2.so.1 /usr/lib64/libbz2.so.1.0
若没有下载

在github上搜索libcrypto.so.1.0.0或libssl1.0.0直接下载
或者https://packages.ubuntu.com/网站下载

QQ图片20200607113443.png
也有可能软件所需的数据库为32位,而之前装的是64位所以需要下载32位的库

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