samtools faidx GRCh38.fa
samtools faidx GRCh38.fa 1 > chr1.fa ...
cat chr* > GRCh38.fa （前面三步主要是去除其他不需要染色体）
sed 's/>/>chr/g' GRCh38.fa > GRCh38_chr.fa
samtools faidx GRCh38.fa
samtools faidx GRCh38_chr.fa
sed -i '/^#/d' GRCh38.gtf (去除#的注释信息)
sed -i '/^MT/d' GRCh38.gtf （去除MT染色体）
sed -i '/^KI/d' GRCh38.gtf （去除其他乱七八糟）...
awk '{print "chr"$0}' GRCh38.gtf > GRCh38_chr.gtf
awk '{print $1}' GRCh38.gtf | sort | uniq
awk '{print $1}' GRCh38_chr.gtf | sort | uniq
fasta： samtools faidxGRCh38.fa samtools faidxGRCh38.fa 1 ...
已知Gencode的注释文件（gtf和gff3）都是带“chr”’的，UCSC带“chr”，ENSEMBL不带“c...
# 下载gtf：选择的是ensembl的GRCh38.94.gtf： 下载地址：ftp://ftp.ensembl...
Ensembl FTP网站 (ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta ) ...
人参考基因组fasta文件的组成部分说明 chr1chr2...chr22chrXchrYchrM 线粒体chr1...
生物信息学上常见的数据格式主要有fasta，fastq，gff/gtf。 1 FASTA FASTA是一种基于文本...
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-87/gtf/homo_sapien...
选用：gencode的GRCm38.fasta和gtf 第一步：转录本的index： extract_exons....
把它转化为data.frame后面问题就迎刃而解gtf文件是为了提取chr， start ， end 等信息，gt...
首先了解一下GTF/GFF的格式https://asia.ensembl.org/info/website/upl...
本文标题：把ensembl的gtf和fasta改成chr
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/zigizftx.html
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