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使用cytoscape 将数据可视化处理

使用cytoscape 将数据可视化处理

作者: Peng_001 | 来源:发表于2020-04-29 16:29 被阅读0次

将TCMSP 数据库信息匹配uniprot

通过上述操作,可以得到药物对应基因的信息。


借助cytospace 可以做很多事情

比如做一个美妙的网络可视化图

准备数据

network 数据

制作需要导入的文件信息
最简单的例子:

药物A
药物A有对应三个成分:TD1~TD3
不同的成分也对应不同的target

因此表格可以做成下面这样



为了显示更加简洁,我将TCMSP中的MOLID替换为了ID。

导入数据


点击cytospace 中的这个图标。
就可以完成导入了。



其中导入后的信息还需要指代信息。其中经常使用的包括:绿色圆圈:信息节点;橙色🎯圈:靶标节点。

为信息分类

可以多创建一个type 文件,记载了不同节点的具体内涵。


通过

导入到cytospace中

接着便可以在左侧的操作板中设置相关的select filter,并设定为type基准。


便可以做一个统一的处理调节。

除此之外,还可以根据attribute cycle layout进行布局调节,使其更加好看一些。

但其实还是比较丑,而且只是描述了药物-靶点的简单关系。只能作为一个cytospace的简单尝试。

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