RNA velocity通过比较新的(未剪接的)和成熟的(剪接的)转录本的水平来推断基因表达的即时变化(La Manno et al.2018。尽管单细胞的RNA velocity已经有scVelo等分析工具,但它具有一定局限性。
作者认为,以新产生的RNA进行代谢标记为基础测量细胞的新老以及RNA的新老的方法将是更好的RNA速度和转录组动力学测量方法。如 Qiu, Hu, et. al开发的单细胞代谢标记的新方法-scNT-seq。dynamo是一个适用于代谢标记的单细胞测序数据RNA velocity的分析工具。
安装代码:https://dynamo-release.readthedocs.io/en/latest/ten_minutes_to_dynamo.html#how-to-install
参考:https://dynamo-release.readthedocs.io/en/latest/
https://dynamo-release.readthedocs.io/en/latest/Introduction.html
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