核苷酸pi值计算方法

                                                核苷酸pi值计算方法

哈喽，今天小编给大家分享的是核苷酸pi值计算方法，主要是介绍序列比对（MEGA和MZAFFT版的两种方法）计算pi值（dnasp）的两个步骤，有兴趣大家可以瞅瞅。
一．序列比对

准备好比对的序列文件，文件格式如下：

1.png

方法一：将准备好的要比对的文件直接拖进MEGA软件：

选择Alignment-Align by ClustalW -ok

(温馨提示：过程可能有点儿慢，需要您耐心等待)

2.png

方法二：MAFFT

3.png

1）L-INS-I(这是最准确的方法。适合小于200条，且长度小于2000aa/nt的序列。)M-mafft --maxiterate 1000 --localpair input > output

2）G-INS-I(适合序列长度相似的比对，小于200条，且长度小于2000aa/nt的序列。)mafft --maxiterate 1000 --globalpair input > output

3）E-INS-I(适合序列中包含较大的非匹配区域，小于200条，且长度小于2000aa/nt的序列。)mafft --maxiterate 1000 --genafpair input > output或者选用mafft --auto in > out

二．计算pi值（dnasp）

将比对好的文件导入到dnasp

1） 导入文件：File - open Data File

4.png

2）Analysis - DNA Ploymorphism按照自己的需求去设置window 和step点ok出现对应的Pi值

5.png