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非Root用户安装Perl模块

非Root用户安装Perl模块

作者: 吕强强学生信 | 来源:发表于2022-11-28 14:00 被阅读0次

    在安装RepeatModeler-2.0.1时,第一步配置configure文件,perl configure时提醒没有安装Perl的File::Which模块。

    The following perl modules required by RepeatModeler are missing fromyour system.  Please install these first:    File::Which

    因为我没有root权限,那么学一下非root用户怎么安装perl模块。

    但是如果是非root用户,那么就麻烦了,很难用自动的cpan下载器,总有一些模块用cpan下载失败。

    这样只能下载模块源码,然后编译,但是编译有个问题,很多模块居然是依赖于其它模块的,你的不停地下载其它依赖模块,最后才能解决,特别麻烦!我曾遇到这种情况,最后因为依赖太多了就放弃了。这种手工下载的方式安装perl模块的方式几乎就是不可行。

    查到了非root用户运行下面的代码获取自己的私人cpan下载器的方法,在自己的目录下试一试。

    wget -O- http://cpanmin.us | perl - -l ~/perl5App::cpanminus local::lib

    eval ‘perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib’

    echo 'eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5-Mlocal::lib`' >> ~/.bashrc

    echo 'export MANPATH=$HOME/perl5/man:$MANPATH'>> ~/.bashrc

    wget -O- http://cpanmin.us | perl - -l ~/perl5 App::cpanminus local::libeval ‘perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib’echo 'eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`' >> ~/.bashrcecho 'export MANPATH=$HOME/perl5/man:$MANPATH' >> ~/.bashrc

    就能拥有一个私人的cpan下载器,~/.bashrc可能需要更改为.bash_profile, . profile, etc等等,取决于你的linux系统!

    然后直接运行cpanm File::Which,就跟root用户一样的可以下载模块啦!

    cpanm File::Which运行后,

    然后回到RepeatModeler-2.0.1目录,再配置configure文件,perl configure,之前的安装Perl模块的报错提醒就没有了。

    成功安装了File:Which模块。

    报错提醒:

    一、yum安装报错

    因为perl模块是Linux世界中非常重要的组成部分,因此centos或者ubuntu默认的软件源中都会内置大量perl的模块,采用这种方式安装是最好的方式,因为来自软件源里的内容都会安装成功,并且自动解决好依赖。首推这种方式。

    1、首先,利用yum search进行搜索,

    yum search File::Which

    2、找到对应的模块,使用安装。

    yum install -y rh-perl524-perl-File-Which.noarch

    报错提醒:

    Loaded plugins: fastestmirror, langpacks

    Repodata is over 2 weeks old. Install yum-cron? Or run: yum makecache fast

    You need to be root to perform this command.

    二、cpan>install File::Which安装这个perl模块

    许久没有反应,放弃。

    如果是root用户,直接用cpan下载器,几乎能解决所有的模块下载安装问题!

    但是如果是非root用户,很难用自动的cpan下载器,总有一些模块用cpan下载失败。

    参考:

    http://www.bio-info-trainee.com/2451.html

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