R语言基础

R和RStudio

R和RStudio介绍

R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能。
RStudio是免费提供的开源集成开发环境（IDE）。RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，是在终端中使用R的绝佳选择。
——引自生信星球

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在上方的窗口Tools中选择Global Options，点击Appearance，在Editor Font size里调试合适的大小。

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使用RStudio简单作图

• plot(rnorm(50)可以作出散点图
  散点图
  rnorm()为随机生成一系列的随机数，随机数的个数、均值和标准差都可以设定。

rnorm(100)       #产生100个服从正态分布的随机数
rnorm(100,3,4)       #产生100个均值是3，标准差为4的随机数

• 箱线图
  boxplot(iris$Sepal.Length~iris$Species,col = c("lightblue","lightyellow","lightpink"))
  箱式图
  以下引自生信人：《R语言基础绘图——箱线图》

箱线图是利用数据中最小值、第一四分位数、中位数、第三四分位数与最大值来描述数据的一种方法，
它也可以粗略地看出数据是否具有有对称性，分布的分散程度等信息。
采用boxplot创建一个箱线图：
基本语法：
boxplot(x, data, notch, varwidth, names, main)
参数：
x - 是一个向量或一个公式
data - 是数据帧
notch - 是一个逻辑值，若设置为TRUE画一个缺口。
varwidth - 是一个逻辑值，若设置为 true 时来画的宽度成正比到样本大小的方块。
names - 是将每个箱线图下被打印的组标签。
main - 用于给出曲线图的标题。

R语言基本操作

1. 用Rproject管理工作目录

• 新建
  

  点击➕旁的图标，新建project，在弹出的窗口中选择New Directory-New Project，填写新文件夹名并选择路径，即可创建成功。 创建
• 打开
  在相应路径中找到所创建的R project，双击打开即可。

2. 显示文件列表
使用dir()或list.files()都可以查看。

显示文件列表

3. 加减乘除
+/-：加/减
*：乘
/：除
^：n次方
sqrt()：开平方
abs()：取绝对值
logn()：取对数

4. 赋值
赋值符号用<-

5. 删除变量
rm()括号内输入想要删除的变量；rm(list = ls())为清空所有变量。

6. 列出历史命令
history()，也可以直接用鼠标单击右上角的history标签。

7. 清空控制台
快捷键ctrl+l