大家好,所谓科研界自古以来就有一句话:遇事不决,肠道菌群。当然,我可能不太懂肠道菌群或者16S测序,但多少懂点孟德尔随机化,今天我们来看一篇用肠道菌群做暴露,用孟德尔随机化做方法,5种癌症为结局,来评估对癌症的影响的文章。2023年2月发表在BMC Medicine上,影响因子11分。
Causal relationship between gut microbiota and cancers: a two-sample Mendelian randomisation study。DOI: 10.1186/s12916-023-02761-6。
看机制图就能看出来,文章的思路很简单,暴露患者用的比较新的肠道菌群的GWAS数据,其他结局都是IEU数据库里的,方法就一个,两样本孟德尔随机化,R包也就一个twosampleMR,总的来说就是不复杂。文章的方法和结果的阐释部分还是很值得学习的,作者把一些参数的意义和选择的目的说的明明白白的,参考文献也给弄的合情合理,总之值得学习。
文章亮点:1.菌群数据新,而且分门别类,门、纲、目、科都整理好了,好!2.结局用了5种癌症。至于数据可以去文章里找。说实话,我不是很喜欢这种啥都研究的泛癌式文章,你作者走别人的路,让别人无路可走那种。文章也有一些缺点:结局都是IEU数据库的,有些数据比较老了。
真的是一力降十会,大力出奇迹啊。这么简单的方法,不学学?
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