chip-seq DROMPAplus

docker安装成功

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安装DROMPAplus

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先看看哪些没有
yum list git gcc-c++ clang boost-devel zlib-devel gsl-devel gtkmm30-devel bzip2-devel cmake

上面这步没必要 是从源码构建才需要的

先安装 拉下来镜像 每步都需要sudo

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bam？

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先不管原因，这是sudo才能用，普通用户不能用，因此要将普通用户加入sudo组

加入后， 直接将sam作为输入即可

docker run -it --rm -v $(pwd):/mnt rnakato/ssp_drompa parse2wig+    -i /mnt/IPC1_clean.sam -o IPC1 --odir /mnt/parse2wigdir+ --gt /home/DROMPAplus/data/genometable/genometable.hg38.txt

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输出的结果过于简单

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画图

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refflat应该在这

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不对 再次进去找
docker run -it --rm rnakato/ssp_drompa /bin/bash

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发现是-gt的问题 虽然-g我也改了 不改-g也会报错

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docker内找不见文件
果然在外面
mnt指的就是给的入口地址

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拿到第一张图

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-g文件没问题

docker run -it --rm rnakato/ssp_drompa /bin/bash
less /home/DROMPAplus/data/geneannotation/Mus_musculus.GRCm38.97.chr.gene.name.refFlat

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但是callpeak文件里没有基因名的注释