一、介绍

软件介绍与下载

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https://cloud.r-project.org/ image.png
https://rstudio.com/products/rstudio/download/

R 是一门编程语言，同时也有官方自带的可视化编程软件
编程语言是一种解释语言，将代码进行翻译并执行
Rstudio 仅仅是的皮包软件（不专业的说法，IDE，R语言的集成环境），只是将执行的命令，执行的结果及附带的操作变得更为人性化，方便使用

版本选择

R：
Window版本：
https://cloud.r-project.org/bin/windows/base/

Mac版本：
https://cloud.r-project.org/bin/macosx/

Rstudio下载：（下载desktop）
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/

Mac系统需要额外下载Xquartz
https://www.xquartz.org/

安装内容与安装顺序

Windows系统，按照下面步骤安装后面有截图教程以及注意事项
第一步：安装R软件，基本上双击之后安装即可
第二步：安装Rstudio，基本上也是双击之后安装
第三步：打开Rstudio查看是否可以正常加载，如无法打开选择旧版本的Rstudio，课程资料中有提供
第四步：选择性安装Rtools

Mac系统，按照常规Mac软件安装流程即可通常不会有问题，遇到问题可联系助教
第一步：安装Xquatrz
第二步：安装R软件
第三步：安装Rstudio，打开Rstudio查看是否正常加载

二、安装流程

windows安装流程

image.png image.png image.png image.png image.png

三、packages安装

install.packages("ggplot2")

Bioconductor资源
BiocManager::install ("limma")

Github资源
library(devtools) #需要先安装好devtools
install_github("immunogenomics/harmony")

R语言 关于package'***' is not available(for R version 3.4.1)
可使用下面的代码进行安装：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("包名")

1. 函数（function）：install.packages() 在编程里面叫做函数
2. 参数（parameters）：
括号中可以设定不同的值叫做参数，参数不同的情况下，同一个函数会执行不同的功能
3. 对比：
install.packages("ggplot2")
install.packages("dplyr")

安装包的过程经常会遇到安装依赖包的情况，一般程序会默认自动安装完成，有时会因为网速等原因安装中断；
重新安装或者去网站直接下载包的二进制文件，放入Library目录即可；
通过 .libPaths() 获取当前R包的library路径；

更多更详细的R包安装教程

https://blog.csdn.net/ARPOSPF/article/details/84997200
https://www.jianshu.com/p/a5e572bc5da5

Package安装中可能遇到的问题

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R包安装总结

安装顺序：先安装R再安装Rstudio
安装路径不要有中文，同样用户名是中文也不可以
视频教程中的版本仅作为演示使用，具体版本参考给的课程资料
Rstudio如果遇到打开错误的情况下，则安装旧版本的尝试，少部分电脑会遇到该问题
Package安装教程中的内容也仅作为演示使用，具体安装哪些包以给到的代码为准，且会根据上课内容有一定调整
Mac需要安装Xquatrz软件，如果之前安装过则不需要再额外安装
如果之前电脑上有R但是版本跟课程推荐不一致则先安装package尝试，如果无法安装再更新R