fread~对于循环索引的影响

目的：

• 比较45列与分别与29:40列的差异倍数，保存至少9个差异数大于2倍的row

思路：

• 笨方法，使用fread读取数据，参数与先前一致。
• 使用for循环方式一次比较列的差异。(等技术提高再进行修改)

问题：

当根据x,y索引的时候，报错提示：

Error in[.data.table(input_table, i, j) : j (the 2nd argument inside [...]) is a single symbol but column name 'j' is not found.
但是当我使用read.table()却无任何报错。

报错代码如下：

library(read.table)
input_table <- fread(in_file_name,header = T,quote="",fill=T,check.names = F); #load file;
# input_table <- read.table(in_file_name,header = TRUE,sep="\t",comment.char = "",fill=T,quote = "")#load file
i <-1
j <-1
input_table[i,j]

改进代码如下：

library(read.table)
input_table <- fread(in_file_name,header = T,quote="",fill=T,check.names = F); #load file;
# input_table <- read.table(in_file_name,header = TRUE,sep="\t",comment.char = "",fill=T,quote = "")#load file
i <-1
j <-1
input_table[i,j]
p<-colnames(input_table)  #使用其他方式避开此trick
input_table[i,get(p[j])]

全部代码如下：

library(read.table)
input_table <- fread(in_file_name,header = T,quote="",fill=T,check.names = F); #load file;
# input_table <- read.table(in_file_name,header = TRUE,sep="\t",comment.char = "",fill=T,quote = "")#load file

paste("1_load file success!\n")

#step2,获取差异显著的列的index（差异数大于2倍，且大于任意9个组织）
p<-colnames(input_table) #此处一定要加，防止报错
x <c()
nrow(input_table)
for(row_line in 1:nrow(input_table)){ #遍历行
  #print(row_line)
  count <- 0
  for(hit in 29:40){
    # input_table[row_line,get(p[hit])]
    temp <- input_table[row_line,get(p[hit])]
    if(input_table[row_line,45] / temp >= 2 && temp !=0){
      count = count +1
    }else if (temp == 0 && input_table[row_line,45] !=0){
      count = count +1
    }
  }
  if(count >=9){#save index
    x <- c(x,row_line)
  }
}