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学习分析质控软件时搜索用到的网站

学习分析质控软件时搜索用到的网站

作者: 小梦游仙境 | 来源:发表于2019-01-05 21:53 被阅读33次

multiqc英文说明
https://multiqc.info/
https://multiqc.info/docs/
https://www.regular-expressions.info/quickstart.html

数据质量什么叫做好,以及Trimmomatic sickle等过滤软件的比较
https://blog.csdn.net/sunwanying123/article/details/80907934
从零开始完整学习全基因组测序数据分析:第2节 FASTA和FASTQ
https://www.jianshu.com/p/50ff302d049f
从零开始完整学习全基因组测序数据分析:第3节 数据质控
https://mp.weixin.qq.com/s/lq3X3U03ozdkZGfcGNzNMg
史上最全ASCII码对照表0-255
https://blog.csdn.net/yueyueniaolzp/article/details/82178954
从零开始完整学习全基因组测序数据分析: Trimmomatic、SOAPnuke、sickle和seqtk的比较
https://mp.weixin.qq.com/s/MiDxubb1FEExziYFCef2yQ
试论NGS数据的Duplication问题
http://www.biotrainee.com/thread-1382-1-1.html
http://blog.sciencenet.cn/blog-734913-1084676.html
PCR duplicates in NGS - I
https://zhuanlan.zhihu.com/p/34613260
转录组学习三(数据质控)
https://www.jianshu.com/p/bacb86c78b43
RNA-seq质控
https://anjingwd.github.io/AnJingwd.github.io/2018/01/10/RNA-seq质控/
整合QC质控结果的利器——MultiQC
https://cloud.tencent.com/developer/article/1376389
NGS基础 - 高通量测序原理
https://mp.weixin.qq.com/s/SS9YBSpgUoU9gI86u-0ATg
我的基因组(十):测序数据质量控制
https://mp.weixin.qq.com/s/q73DquRCEj7saiiccUL9qw
FastQC处理二代测序原始数据的质量结果解读
https://www.jianshu.com/p/dacedb7f6e2f
用FastQC检查高通量测序原始数据的质量
http://www.mamicode.com/info-detail-1161796.html
诺禾致源有参转录组结题报告
https://wenku.baidu.com/view/f25003c203d8ce2f0166239c.html
FastQC 你需要知道的在这里!-来自生信百科(上)这个挺好的
https://mp.weixin.qq.com/s/6LjrXK6CzWOKWENzcAyaSA
数据质量不好,可以用么?-来自生信百科(下)这个挺好的
https://mp.weixin.qq.com/s/z078N2ewE6T5YB4m_tnU0w

samtools详解
https://www.jianshu.com/p/15f3499a6469

我自己的三个multiqc报告(老大)
file:///Users/mengmeng/Downloads/fq.qc/multiqc_report.html#fastqc_overrepresented_sequences
file:///Users/mengmeng/Downloads/clean/multiqc_report.html#fastqc_per_sequence_gc_content
file:///Users/mengmeng/Downloads/sort.bam/multiqc_report.html#fastqc_per_sequence_gc_content

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