TreeGraph的使用

TreeGraph是用来查看和编辑树文件的软件，还是很好上手的，比Figtree的功能更强大一点。下面是根据个人使用经验总结的使用指南，下载和更详细的信息见官网 http://treegraph.bioinfweb.info/

导入和导出文件：

上方工具栏File-Open，出现如下对话窗：

选择要导入的树文件即可。

在导出文件时，点击工具栏 File-Export to graphic/PDF...，选择导出的文件类型为svg矢量图，这样方便后续在AI里编辑。

导入文件之后发现，左边是树，右面还有一个信息栏：

有同学发现导入树文件后，支持率信息没有直接出来，这时候选择Edit-Node/branch data-Copy column..，在弹出的对话框中，source的下拉框中选择右面信息栏中对应的支持率一列的表头名称，点击OK就可以了。

基本的编辑

1 设置外类群：

选中外类群taxa，如下图，Ctrl+R或者点击工具栏Edit-Root by leaves

2 加入枝长信息：

导入文件后，默认出现的是Rectangular Cladogram View，也就是没有枝长信息的树。我们可以选择工具栏下方的Phylogram/Chronogram View，变为有枝长的树，如下图：

或者点击工具栏View下的Phylogram/Chronogram View。

3 设置枝长的比例：

点击工具栏下方的小图标Document Formats，

或者点击工具栏Format- Document formats，或者Shift+F5，出现如下对话框：

调节Distance per brach length unit，然后点击Apply查看是否满意，这个值越大，显示出的枝长越长。

也可以调节Document margin，也就是文档的上下左右边距，调节到自己觉得舒服的位置。

勾选Show Scale Bar，也就是显示枝长的比例尺。最后记得选OK。

我们可能会看到比例尺出现下面的情况：

点击选中比例尺，点击工具栏Format-Element formats，或者直接快捷键F5，出现下面的对话框：

勾选Whole tree width（left and right），就会看到比例尺的长度已经延展到最大枝长。

调节Distance to tree是调节比例尺到树的距离，Height是调节除文字信息外的比例尺图例的高度。

Small interval 是调节比例尺显示的最小单位，Long interval就是最小单位被划分为几格。

4 编辑分类单元名称

Ctrl+A全选，快捷键F5弹出Element formats对话框，选择Front formats，在Front family下面的选项中更改字体，调节Front height更改文字大小

选择Front color可以改变字体的颜色，选择Leaf margin可以调节分类单元名字的上下左右间距。

5 编辑枝

Ctrl+A全选，快捷键F5弹出Element formats对话框，选择Line Formats，

调节Line width改变枝粗细，Corner radius调到零，就是完全直角。

我们还可以用枝长的粗细来体现支持率的信息，点击工具栏Format-Set distance values by node/branch data...

Source data显示为Text labels with the ID "support"，就是选用支持率信息

target选择Branch line widths，就是用枝的宽度来体现支持率这一信息。效果如下：

如果希望枝不要是这种渐宽的，也可以改成同宽的，快捷键F5弹出Element formats对话框，

勾选Use constant line width即可，效果如下：

6 展示多个支持率

如果你有用同一组分类单元建成的多个树，想在同一个树上展示多个树的支持率信息，那么先导入一个树文件，然后选择工具栏File-Add support values，或者快捷键F9，选择另一个树文件，

在ID prefix给另一个树文件的支持率信息加一个自己熟悉的名字。点击next即可。