游离DNA（Circulating free DNA，cfDNA），是人体组织释放到血液等循环体系中的降解的DNA片段，是一种新型的肿瘤分子标志物。ctDNA（Circulating tumor DNA）特指来源于肿瘤细胞的cfDNA，ctDNA甲基化是重要的表观学修饰之一，可以在不改变基因序列的情况下，改变遗传表现，从而控制基因的表达。基因甲基化发生是癌症发生的重要机制，相当于调控基因表达的“开关”，其稳定性和一致性较好，因此ctDNA甲基化是癌症肿瘤标志物筛查的理想手段。
肿瘤的组织起源决定了其组织特异性的DNA甲基化模式：
（1）血浆中cfDNA包含来自机体各个组织器官凋亡细胞释放的DNA。
（2）肿瘤细胞释放的cfDNA比正常组织细胞更高。
肿瘤的表观遗传标志物
一、cfDNA甲基化检测技术瓶颈：
对于cfDNA等相对微量且片段化十分严重的样本，常用甲基化检测主要包括cfMeDIP，微量WGBS技术。应用RRBS检测的CG位点极为有限，主要原因cfDNA自身就在选择片段范围之内，如果片段内CG含量高被酶切，反而更短不被富集，因此可能检测到的都是CG含量低的区域片段。
追踪肿瘤的DNA甲基化模式
二、易基因cfDNA-RBS亮点：
为助力低样本量多维度分析，易基因开发了富集覆盖CpG岛、启动子、增强子、CTCF结合位点的cfDNA甲基化测序方法——cfDNA-RBS，实现了高灵敏度和样本复用，使其具有高度可扩展性，并适用于有限的样本和单个细胞。
易基因建立的cfDNA-RBS技术，仅需10-15G测序数据，DNA建库起始量低至5ng的cfDNA样本，可以检测到的5X位点高达4M以上，是目前肿瘤甲基化标志物检测研究的优选技术，应用场景包括肿瘤早筛、肿瘤诊断、个性化用药、实时监控、预后监测等。
癌前病变的癌变预警标志物检测
肿瘤早期筛查标志物检测
肿瘤预后标志物检测
药物疗效预测标志物检测
WGBS、cfDNA-RBS、RRBS技术位点覆盖对比
三、技术优势：
易基因科技在DNA甲基化修饰等表观遗传检测领域，积累了一系列国际先进技术，可对高通量DNA甲基化组学研究，包括单细胞、微量和常量DNA甲基化测序，ctDNA、FFPE等严重降解痕量DNA甲基化检测等，提供多种有效解决方案。低成本、高通量的DNA甲基化组学测序技术建立，将为研究者对不同时间和空间的表观修饰研究奠定基础。
1）微量细胞或单细胞全基因组甲基化测序（Micro DNA-WGBS）DNA起始量：
单细胞/100-1000个细胞
1ng基因组DNA
90%以上基因组CG覆盖
2）微量细胞或DNA简化基因组甲基化测序（Micro DNA-RRBS）DNA起始量：
1ng基因组DNA；
10-20M有效CG位点覆盖；
10-20G测序数据量；
3）微量cfDNA简化基因组甲基化测序（cfDNA-RBS）
100ul血浆或1ng cfDNA
10M有效CG位点覆盖
15-20G测序数据量
四、cfDNA-RBS信息分析
易基因建立的cfDNA-RBS技术，可基于CpG岛、启动子、增强子、CTCF结合位点等区域，实现单碱基分辨率的甲基化位点精准定位，快速准确地找到差异位点，实现高效分析DMR及相关基因的功能分析。
五、不同DNA甲基化检测技术指标比较
不同DNA甲基化检测技术CG位点比较
六、cfDNA甲基化临床研究技术选择推荐
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