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种群历史研究:MSMC软件安装

种群历史研究:MSMC软件安装

作者: geneonto | 来源:发表于2020-11-25 22:36 被阅读0次

前言

种群历史动态研究常用软件有PSMC、MSMC、SMC++,小编接下来带你安装MSMC

安装所需环境

(一)D编译器

安装DMD,官网DMD,找到自己系统对应的安装版本,以centos为例:

wget http://downloads.dlang.org/releases/2.x/2.094.2/dmd.2.094.2.linux.tar.xz 
xz -d dmd.2.094.2.linux.tar.xz ; tar -xvf dmd.2.094.2.linux.tar 
echo  'export PATH=path/dmd2/linux/bin64/:$PATH' >> ~/.bashrc ;source ~/.bashrc #添加环境变量到~/.bashrc 
(二)GNU Scientific library

安装GSL,下载链接GSL

wget http://mirror.rit.edu/gnu/gsl/gsl-2.6.tar.gz
tar -pzxvf gsl-2.6.tar.gz
cd gsl-2.6
./configure --prefix=path/gsl-2.6; make ; make install

msmc2安装

wget https://github.com/stschiff/msmc2/archive/master.zip
unzip msmc2-master.zip ; cd msmc2-master
编辑Makefile文件,修改以下内容:
GSLDIR=path/gsl-2.6/lib
make #安装完毕,执行程序在./build/release/msmc2

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