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种群历史研究:MSMC软件安装

种群历史研究:MSMC软件安装

作者: geneonto | 来源:发表于2020-11-25 22:36 被阅读0次

    前言

    种群历史动态研究常用软件有PSMC、MSMC、SMC++,小编接下来带你安装MSMC

    安装所需环境

    (一)D编译器

    安装DMD,官网DMD,找到自己系统对应的安装版本,以centos为例:

    wget http://downloads.dlang.org/releases/2.x/2.094.2/dmd.2.094.2.linux.tar.xz 
    xz -d dmd.2.094.2.linux.tar.xz ; tar -xvf dmd.2.094.2.linux.tar 
    echo  'export PATH=path/dmd2/linux/bin64/:$PATH' >> ~/.bashrc ;source ~/.bashrc #添加环境变量到~/.bashrc 
    
    (二)GNU Scientific library

    安装GSL,下载链接GSL

    wget http://mirror.rit.edu/gnu/gsl/gsl-2.6.tar.gz
    tar -pzxvf gsl-2.6.tar.gz
    cd gsl-2.6
    ./configure --prefix=path/gsl-2.6; make ; make install
    

    msmc2安装

    wget https://github.com/stschiff/msmc2/archive/master.zip
    unzip msmc2-master.zip ; cd msmc2-master
    编辑Makefile文件,修改以下内容:
    GSLDIR=path/gsl-2.6/lib
    make #安装完毕,执行程序在./build/release/msmc2
    

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