利用克隆重叠群法组装测序片段的前提是制备完整高效的克隆重叠群。克隆重叠群源自酶切或机械打碎了的大量片段，从中选出长度适中且重叠区长度也适中的部分。长度适中的筛选通过电泳即可实现，关键在重叠区长度适中的片段。筛选符合上述条件片段的方法叫克隆指纹图谱（clone fingerprinting）技术。所谓“指纹”是指克隆DNA片段的物理结构信息，源自各类物理图谱。主要为限制性图谱（restriction pattern）、重复DNA指纹图谱（repetitive DNA fingerprint）、重复DNA的PCR（repetitive DNA PCR）或散步重复元件的PCR（interspersed repeat element PCR, IRE-PCR）、STS含量作图（STS content mapping）。
（1）限制性图谱
利用序列频繁出现的同种限制性位点，对其完全切割形成长短不一的片段，从而检测出拥有部分相同片段的序列。
（2）重复DNA指纹图谱
实质是基于简单序列长度多态性（simple squence length polymorphism, SSLP）来检测，比如SSR。用重复序列探针进行Southern杂交，筛选阳性杂交。该方法只能检测两条序列有重叠区，但无法知道重叠的相对长度。
（3）重复DNA的PCR或散步重复元件的PCR
重复DNA的PCR是基于iSSR，运用重复序列内退火的引物，就能扩增出两个相邻重复序列之间的单拷贝DNA，拿扩增产物来电泳，拥有重复条带的及有重叠区，但无法知道重叠长度。散步重复元件的PCR则是利用序列中的某些重复单元，如人类DNA中有种Alu元件，平均3kb出现一次，因此用Alu引物（加过量）进行PCR能扩增出诸多片段，经电泳能判别出重叠区的大致位置。
（4）STS含量作图
利用单拷贝的STS标记进行杂交实验，能轻松鉴定出拥有重叠区的序列。或直接进行STS特异性PCR，可得相同的效果。
参考文献
T. A. 布朗. 基因组3[M]. 第一版. 北京: 科学出版社, 2009.
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